과다한 조세특례제도의 운영도 조세체계를 복잡하게 만드는 중요한 요인 중의 하나이다. 조세특례제한법에 감면사항이 주로 규정돼 있는데 그 내용이 매우 복잡하다. 한편 조세특례의 방만한 운영에 의한 세수감소를 줄여 보기 위한 최저한세도 복잡성을 심화시키는 요인이 되고 있다. 특히 최저한세의 제약으로 인해 우량의 조세지원책이 불량의 조세지원책에 자리를 넘겨주는 그래샴의 법칙이 적용될 가능성도 높다.

이와 같이 조세체계가 복잡해진 것은 목적세의 과다한 도입에도 원인이 있다. 목적세는 그 당시의 국정현안을 해결하기 위해 신설해 한시적으로 운영되는 것이 일반적이다. 국세 중에서 목적세는 교통세·교육세 및 농어촌특별세가 있다.

교통세는 교통시설의 확충에 소요되는 재원 확보를 목적으로 석유류에 대해 부과되고 있는데 특별소비세와 유사한 성격임에도 불구하고 중복적으로 과세되고 있다. 교육세는 금융보험업자의 수입금액에 별도로 부과되기도 하고 특별소비세, 교통세, 주세에 가산해 부과된다.

목적세 중에서 농어촌특별세는 특히 과세대상을 무리하게 정하고 있다. 농어촌특별세는 특별소비세, 취득세, 레저세, 종합부동산세에 부가해 징수하기도 하지만 소득세 및 법인세 감면분에 대해 20%를 부과하고 있다. 다시 말하면 80%만 감면하면 될 것을 전액 감면한 다음 다른 세목인 농어촌특별세로 20%를 받아내는 무리한 과세방식을 택하고 있다.

이와 같이 조세체계가 복잡해진 이유는 정치적 목표를 너무 강조해 국가재정을 칸막이 방식으로 운영했기 때문이다. 그 결과 재정의 신축적 운용을 저해하고 경제상황에 신속히 대처할 수 없는 문제점이 발생된 것이다.

세제당국은 이와 같은 문제점을 인정하고 목적세의 폐지와 세목의 통합을 통한 조세체계 간소화 방안을 추진했었는데 이를 실행에 옮기는 과정에서 목적세로써 쉽사리 예산을 확보했던 관련부처의 반발에 부딪쳐 더이상 진척시키지 못하고 있다. 그러나 조세체계를 복잡하게 운영해 발생하는 불필요한 손실을 막기 위해서라도 조세체계의 간소화는 반드시 이뤄져야 할 개혁과제인 것이다. 세금걷는 일과 예산 편성하는 일을 독립적으로 운영해야만이 재정운영의 효율성을 높일 수 있는데, 이를 위해서라도 목적세를 폐지해 본세에 통합시켜야 한다.

조세체계 정비작업은 전화세를 부가가치세에 통합시키는 것과 지방세에 부가되는 교육세를 지방세인 지방교육세로 조정해 지방세에 국세인 교육세가 부가되는 부자연스러움을 해결한 것을 성과로 들 수 있다. 그러나 목적세를 폐지하고 세목을 대폭 줄여서 조세체계를 간소화하는 개선작업이 시급하다.

2. 과세대상소득 확대
과세대상 소득을 규정하는 방식에는 열거주의와 포괄주의가 있다. 우리나라의 개인과세는 원칙적으로 열거주의에 의하고 있으며 법인과세는 포괄주의에 의해서 규정하고 있다. 원천설에 의한 열거주의 개인과세방식은 세수 포착률을 낮추고 조세형평에 대한 갈등을 유발하는 요인이 되고 있다.

개인의 재산형성의 원천은 벌어들인 소득, 타인으로부터 무상으로 재산을 받는 수증, 피상속인의 사망이 원인인 재산상속으로 나눌 수 있다. 이와 같은 소득, 수증, 상속에 의해 취득한 재산이 모두 과세대상이 된다면 한 개인의 재산은 과세대상 금액에서 세금을 차감한 가처분 재산 중에서 소비하지 않고 남긴 금액이 될 것이다.

우리나라 세제에서는 개인의 소득, 수증, 상속에 의한 재산취득을 모두 과세대상으로 규정하지 않고 종목별로 과세대상을 규정하는 원천설을 원칙으로 하고 있다. 세법에 과세대상으로 열거하지 않으면 과세대상에서 제외돼 사회적 갈등요인이 되고 있다. 이와 같은 원천설에 의한 세법규정은 경제적·사회적 변화에 세법이 따라가지 못할 경우 조세의 형평을 깨뜨릴 위험이 있는 것으로 지적되고 있다. 또 개인의 두시점의 순자산금액의 차이와 세금부담의 합계액 사이에 일정한 함수관계가 성립되지 않으므로 세금의 성실한 납세를 유도하는 방법으로 부족한 점이 있다. 한편 2004년부터 시행되는 상속세 및 증여세법의 개정으로 상속·증여세 포괄주의가 원칙으로 규정돼 있지만 실제사례 발생시 적절히 대처하기 위한 명확한 규정이 마련되지 않아 과세사례 발생시 논란의 소지가 있다.

한편 소득법상 일부 소득은 유형별 포괄주의를 규정하고 있지만 전체적으로 과세대상 소득에 누락되는 사항이 발생할 소지가 있다. 예를 들면 현행 소득세법상 재산권 침해나 명예훼손에 따른 손해배상금이나 위자료는 과세대상 소득이 아니다. 따라서 실질적으로는 사용료에 해당되지만 이를 손해배상금으로 지급한다든지 위자료 명목으로 지급할 경우 소득세 과세대상에서 제외될 수 있다.

개인소득에 대한 과세 포착률을 높이기 위해 과세소득에 대한 규정을 조세법률주의 원칙에 위배되지 않는 범위내에서 포괄적으로 규정하는 개선작업이 계속돼야 한다. 또 유사한 성격의 소득임에도 소득 구분의 차이에 따라 세금부담의 큰 차이를 보이는 사항에 대해서는 세금부담을 적절히 조정할 필요가 있다.

3. 과세포착률 제고
세수는 주로 세원 및 세율의 함수관계를 나타내는데 우리나라의 경우 세원은 그 탈루가 심해 완벽하게 포착되지 못하고 있는 반면, 세율은 전반적으로 너무 높은 것으로 평가되고 있다. 이와 같은 낮은 세수포착률은 국민의 납세의식과도 관련이 있다. 우리의 납세의식은 선진국에 비해서 너무 낮은 수준이다.