상법 개정안에 유한책임조합(Limited Liability Partnership)과 유한책임회사(Limited Liability Company)롤 도입하는 내용이 포함되자 이들에 대한 과세가 중요한 관심의 대상이 되고 있다. 그동안 우리나라는 모든 사업체를 법인과 개인으로 구분해 법인세 또는 개인소득세를 과세했으며, 그러한 구도 하에서 법인의 성격과 개인사업체의 성격을 모두 갖고 있는 중간적인 사업체에 대한 과세를 하는데 어려움이 있었다.

이러한 문제를 해결하기 위해서는 파트너쉽 과세제도를 도입해야 한다는 주장이 오래전부터 있었는데, 최근에 상법 개정안이 만들어짐에 따라 파트너쉽 과세제도의 도입이 더 미룰 수 없는 현안과제로 대두된 것이다.

법인의 소득은 궁극적으로 지분을 소유한 개인에게 배분되고, 개인 단계에서 소득세가 부과되므로 법인세는 이중과세로서 자원배분의 왜곡을 초래하는 요인이 된다. 그러므로 법인세를 부과하지 않고 개인소득세만 부과해야 한다는 주장이 있다.

한편 법인은 그 자체로서 독립적인 역할이 있으며, 국가가 제공한 공공재의 혜택을 향유하므로 일반적인 과세의 대상이 된다는 주장이 있는데, 이를 법인실체설이라고 한다.

파트너쉽 과세제도는 사업체에는 과세하지 않고 사업을 영위하는 주체인 파트너 단계에서만 과세하는 제도로서 이중과세로부터 자유롭다. 그러나 통상적으로 실체가 있는 것으로 인식되는 대표적인 형태의 사업체인 주식회사에는 적용되지 않으며, 개인이나 법인의 어느 한쪽으로 단정하기에 어려운 경우에만 적용된다.

파트너쉽 과세제도의 대표라고 할 수 있는 미국의 제도에 비춰볼 때 파트너쉽 과세제도의 또다른 중요한 특징은 사적 계약을 존중한다는 점이다. 법인세에서는 통상 현물을 포함한 자본의 출자만 인정하며, 지분에 따라 이익을 배분한다.

그러나 파트너쉽 과세제도에서는 노무출자를 인정하며, 사적 계약으로 손실과 이익의 배분비율을 정할 수 있다. 인적용역을 제공하는 사업체나 소규모 사업체에게는 법인세보다 자율적 합의를 중시하는 파트너쉽 과세제도가 유리한 경우가 많다. 미국과 독일의 파트너쉽 과세제도가 이러한 유형에 속한다.

한편 일본, 프랑스 등에서는 파트너쉽 과세제도를  소극적으로 운영하고 있다. 파트너쉽 단계에서는 세금을 부과하지 않고 파트너 단계에서만 과세해 이중과세를 배제한다는 점에서는 미국의 제도와 같지만 노무의 출자를 인정하지 않으며, 손익의 배분에 있어 사적 계약에 의존하지 않고 지분비율에 따른다.

이러한 제도들은 각각 장단점을 가지고 있다. 우리나라에서 어떤 제도를 도입하는 것이 유리한지 판단하는데 도움이 되고자 각 제도의 장단점을 정리해 보면 다음과 같다.

미국 제도는 경제적 실질을 중요시하며 사업형태 및 사업활동의 유연성을 보장한다는 장점이 있는 반면, 사적 계약이 조세회피의 수단으로 인정될 수 있다는 문제가 있다. 파트너쉽 과세제도가 조세회피의 수단으로 악용되는 것을 방지하기 위해서는 사적 계약이 경제적 실질에 따른 것이라는 점을 점검하는 장치가 마련돼야 하는데, 이것이 파트너쉽 과세제도를 복잡하고 어렵게 만드는 요인이 되고 있다.

우리나라와 같이 경제적 실질의 개념을 적용한 과세경험이 희박한 국가에서는 제도 도입시 세심한 주의가 필요한 것은 물론 도입후 시행에 있어서도 많은 문제가 야기될 가능성이 있다.

일본과 프랑스의 제도는 비교적 간단하며 시행에 큰 무리가 없을 것이라는 장점이 있는 반면, 과세에 있어서 유연성이 부족하며 경제적 실질을 제대로 반영하지 못한다는 문제가 있다. 이미 배당세액공제제도로 이중과세를 조정하고 있는 우리나라에서는 이러한 파트너쉽 과세제도가 큰 경제적 의미를 갖기 어렵다.

이 경우에는 외국에는 있는 제도가 우리나라에는 없기 때문에 발생하는 국제적인 이슈 등 세부적인 문제를 개선하는 데 초점을 맞춰야 할 것이다.