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그럼에도 불구하고 현행 부가가치세법에서는 부가가치세의 계산방법으로 '전단계 세액공제법'만을 도입하고 있는 바, 명백히 위헌·위법의 소지를 내포하고 있다. 면세사업자로부터 면세재화 등을 매입해 매입가격(취득가액) 그대로 매출했거나, 그 이하로 매출했다면 부가가치가 전혀 발생하지 않는다. 당연히 전단계 매입세액도 없기 마련이다. 그런데도 '전단계 세액공제법'의 공식대로 부가가치세를 계산하면 매출세액 전부가 납부세액이 돼 결과적으로 매상세(Sale tax)가 된다. 이러한 결과는 부가가치세 제도의 본질을 파괴하는 것에 다름아니다.
매상세는 부가가치세처럼 소비세에 해당하지만, 재화나 용역의 매출액 전체를 기준으로 부과하는 조세이다. 따라서 매상세는 각 유통단계에서 과세가 중복되며 제조단계로부터 소매단계에 이르기까지 조세의 배분이 적정하게 되지 못하는 결함을 가진 조세이다. 이러한 결함을 보완해 누적과세효과의 폐단을 없애고 각 단계별로 부담세액을 적정히 배분하기 위한 조세가 바로 부가가치세이다.
현실상황은 면세 재화 등을 매입했거나 과세재화 등을 공급받으면서 매입세액을 거래 징수당하지 않아 공제할 매입세액이 없는 경우가 얼마든지 있을 수 있다. 현행법은 이러한 경우까지 '전단계 세액공제법'에 의해 일률적으로 매출세액과 납부세액을 계산하도록 하고 있다.
따라서 '전단계 매입액' 전체가 과세표준이 돼 사실상 앞에서 설명한 바와 같이 매상세로 둔갑된다. 더구나 매상세는 세율이 낮은 게 특징인데 10%세율이 적용돼 '가혹한 매상세'가 된다. 어쨌든 현행 '전단계 세액공제법'은 부가가치세제도와 매상세제도가 혼합된 제도로서 입법자들의 착오에서 비롯된 흠결이 아닐 수 없다.
이런 점을 감안할 때 전단계 매입세액이 있는 거래의 경우와 전단계 매입세액이 없는 거래의 경우로 나눠서 부가가치세의 계산방법을 달리해야 한다. 그래야만 당해 생산 또는 유통단계에서 새로 창출된 부가가치에 대한 세금으로 정당하다.
따라서 '세금계산서 합계표'에 의해 확인되는 매출세액과 매입세액이 있는 매출액과 매입에 대하여는 '전단계 세액공제법'에 의하고, 그 이외의 매출액과 매입액에 대하여는 '전단계 거래액공제법'이나 '간이과세자에 대한 부가가치세 계산방법'을 적용하도록 개선해야 한다. 그러나 부가가치가 전혀 발생되지 않았음이 거래내용이나 증빙 등에 의해 명백한 경우에는 부가가치세를 부과할 수 없도록 해야 한다.
그리고 보다 근본적인 문제로서 부가가치세법 제1조(과세대상)제1항 본문을 '부가가치세는 다음 각 호의 거래에서 새로 창출되는 부가가치에 대해 부과한다'라고 개정해 부가가치세의 과세대상에 대한 개념과 범위를 명확히 해야 한다.
우리나라의 조세제도는 조세법률주의에 의한다. 현대적 의미에 있어서 조세법률주의의 존재 의의는 국민의 재산권을 보장하면서 조세에 관한 법적 안정성과 예측가능성을 보장하는데 있다고 본다. 조세법률주의의 가장 핵심적인 근간은 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의이다. 과세요건 법정주의는 과세요건이 되는 납세의무자·과세물건·과세표준·세율 등을 반드시 법률로 규정해야 한다는 원칙을 말하고, 과세요건 명확주의는 과세요건을 법률로 규정하더라도 일의적(一義的)이고 명확·상세해야 한다는 원칙을 말한다.
과세요건 중 가장 선행적 요건은 과세물건이다. 과세물건은 과세대상이라고도 하는데, 이러한 과세물건이 없으면 여타의 과세요건은 발생되지 않기 때문이다. 부가가치세의 경우도 마찬가지다.
현행의 '전단계 세액공제법'은 앞에서 논급한 바와 같이 과세물건, 즉 부가가치가 없는 데도 부가가치세를 계산하는 경우가 내포된 것으로서 위헌·위법규정이라 아니할 수 없다.
부가가치세법이 시행됐던 '77년7월1일이후 오늘날까지 억울하게 위헌·위법적 부가가치세를 부담했던 선량한 납세국민을 고려할 때 하루 빨리 개선돼야 할 문제점이다.
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