비과세·감면 제도가 사회적 여건변화, 제도의 실효성 등을 감안해 대대적으로 정비된다.

근로자와 농어민, 중소기업, R&D, 설비투자 촉진 등을 지원 하기 위한 항목들은 그대로 비과세 혹은 감면이 연장되는 반면, 목적을 이미 달성했거나, 지원 타당성이 낮아진 제도, 이용실적이 미미한제도 등은 축소 혹은 폐지된다.

재정경제부가 21일 내놓은 '2006년 세제개편안'에 따르면 비과세 감면이 그대로 연장되는 항목은 △R&D·설비투자 6건 △중소기업·구조조정 △농어민 6건 △근로자 4건 △기타 3건 등 총 28개항목이다.

이는 세제개편시 정부가 당초 목표로 제시한 중산·서민층 지원이나 성장잠재력 확충 등을 고려했기 때문이다.

올해 일몰이 도래하는 55개 항목 중 12개는 연장하되 감면폭을 조정하고 15개 제도는 폐지된다. 또 원래 일몰이 없는 제도 중 폐지·축소 기준에 부합한 2개 제도도 함께 폐지되며 5개 제도는 감면폭이 조정된다.

정부는 타당성이나 실효성이 떨어지는 제도들은 과감히 축소·폐지함으로써 경제·사회적 여건 변화에도 불구, 점차 기득권화 되가는 비과세·감면제도를 정비한다는 방침이다.

55개 제도만 떼어놓고 봐도 평균 존속기간이 15년에 달하는 등 항구화 되다보니 총 226개 제도의 평균 감면액 증가율(8.6%)이 국세증가율(7.3%)보다 높게 나타나 과세기반을 잠식하는 등 문제점이 드러났다.

이에 따라 정부는 비과세·감면을 지속적으로 정비해 지난해 14.5%까지 오른 국세대비 비과세·감면 비중을 13%대로 축소할 계획이다.

이를 통해 마련된 재원은 세율 인하 등을 통해 흡수함으로써 ‘넓은 세원, 낮은 세율 체계’를 구축하는데 활용한다는 것이다.

다음은 올해 일몰이 도래하는 것중 이번에 축소·폐지되는 주요 비과세·감면제도.

◆ 농·수협 등 예탁금 이자소득 3년 연장 = 올해로 비과세 혜택이 끝나는 농·수협, 산림조합, 신협, 새마을금고의 예탁금 이자소득이 3년 더 연장된다. 다만 현재 1인당 2000만원까지인 비과세한도가 내년부터 3년간 1인당 1000만원으로 조정된다. 또 이 기간 1000~2000만원 사이는 5% 분리과세가 적용되며, 일몰이 끝나는 2010년 이후에는 2000만원 한도로 9% 분리과세된다.
이는 농어민의 조합원 저축이 농·수협 등의 경우 17.2%(2005년말 기준)에 불과, 당초 지원취지와 달리 운용되고 있는 데다 경쟁관계에 있는 금융기관과의 불형평문제 등이 감안됐다. 조합원 측면에서도 세감면 효과를 보면 올해 일몰이 끝나면서 내년 5%, 2008년 9% 분리과세를 적용하는 현행 제도보다 개정안이 다소 유리하다.

◆ 스톡옵션에 대한 과세특례 폐지 = 주식매수선택권(스톡옵션) 제도가 어느정도 정착됐고 스톡옵션 자체가 인센티브인 점이 감안돼 행사이익(행사당시 시가-행사가액)에 대한 연간 3000만원까지의 근로소득세 비과세 제도가 올해로 끝나게 된다.
다만 스톡옵션 행사에 따라 당해 법인이 종업원에게 저가로 양도하는 경우 부당행위계산부인 적용배제는 필요경비적 성격의 비용을 손금 인정해 주는 것이므로 계속 적용된다.

◆ 장기보유주식 배당소득 비과세 연장, 기준금액 하향 조정 = 거래소와 코스닥에 상장되고 1년이상 장기보유한 주식의 배당소득에 대해 5000만원 이하까지 비과세되던 조치가 2년 더 연장된다.

다만, 기준금액은 3000원 이하로 조정되며 3000만원~1억원 이하까지는 5% 분리과세가 적용된다. 현행 세제지원 기준이 너무 높게 설정돼 금융소득종합과세의 실효성이 약화된 점을 감안한 것이다.
그러나 장기투자 유도라는 지원제도의 취지와 맞지 않는 지배주주에 대한 지원을 배제해 지배주주 등과 그 특수관계자가 소유하고 있는 주식은 제외하기로 했다.

◆ 영농자녀에 대한 농지 등 증여세 면제 시한 연장 = 자경농민이 18세 이상의 영농자녀에게 일정규모 이하의 농지 등을 증여하는 경우 증여세가 면제혜택이 현행 올해말에서 2011년말까지로 5년 연장된다.
대신 감면한도액을 5년간 합산해 증여세액 1억원까지로 축소하고, 자경농민 요건도 2년에서 3년으로 상향조정했다.

◆ 공모펀드에 대한 증권거래세 면제 2년 연장 = 올해 일몰이 도래하는 간접투자기구의 주식거래에 대한 증권거래세 면제 조치가 공모펀드에 한해서 2년 연장된다. 간접투자가 정착돼 증권시장의 안정적 수요기반 확충 등 당초 세제지원하려던 취지가 달성됐으나 간접투자시장을 지속적으로 발전시키기 위해 공모펀드에 대해서 일몰시한을 연장해야 된다는 점이 반영됐다.

◆ 복권당첨소득에 대한 분리과세 특례 일몰연장 = 복권당첨소득, 경마·경륜·경정 환급금, 슬로머신 당첨금품 등에 대한 분리과세 특례가 2008년말까지 연장된다. 다만 5억원까지 20%로 원천징수했으나 내년 1월 1일부턴 3억으로 조정되며 3억원 초과분에 대해선 30% 세율로 원천징수된다. 불특정 다수인 복권당첨자 등의 납세편의를 감안해 일몰을 2년 연장하돼 30% 세율 적용 당첨금 기준금액을 인하해 고액당첨자에 대한 과세를 강화했다.

◆ 고용창출형 창업기업 세액감면 폐지 = 고용창출형 창업기업에 대해 최초 소득이 발생한 과세연도부터 4년간 고용증가율에 비례해 소득·법인세의 50~100%를 감면해 준 제도가 오는 12월 31일까지만 적용된다. 지난해 감면실적이 6억원에 불과하는 등 실효성이 낮다는 것이 폐지이유다.

◆ 농어가목돈마련저측 이자소득 비과세 폐지 = 현재 단위 농·수협에서 취급했던 농어가목돈마련저축의 이자소득 비과세 조치가 내년 1월 1일부로 폐지된다. 현재 ‘농어가목돈마련저축에관한법률 폐지법률안’이 국회에 계류중이며, 법안처리와 함께 폐지될 전망이다. 폐지 이유는 사실상 농어민이 아닌 자가 이 저축에 가입해 세부담을 회피하는 것을 방지하기 위해서다.

◆ 투기지역내 토지수용시 양동세 과세특례 폐지 = 투기지역 내 토지 수용시 예정지구 지정일 전에 취득한 토지에 대해 기준시가로 양도세를 내는 제도도 올해 말로 끝난다. 내년부터 모든 부동산에 대해 양도세가 실거래가로 과세되므로 기준시가 과세제도가 폐지되는 점이 감안됐다.

◆ 박물관 등의 이전에 대한 양도소득세 면제 폐지 = 3년이상 운영한 도서관, 박물관, 미술관, 과학관을 양도하고 1년내 이전하는 경우 양도세를 면제했던 제도가 추가 연장없이 내년부터 폐지된다. 박물관 등의 이전으로 양도세를 감면받은 사례가 없고 개인소유 박물관 등은 개인이 소유한 여타 부동산 처분과 다를 바 없어 양도세 회피수단으로 악용될 가능성이 있기 때문이다.

◆ 디지털TV 방송장비 관세감면율 50%로 축소 = 지상파 디지털TV 방송장비 수입에 대한 관세감면 비율이 현행 85%에서 내년 1월 1일 이후 수입신고 분부터 50%로 축소된다. 대신 영상산업 육성 및 연관 IT산업 발전을 위해 감면기한을 2년 더 연장하기로 했다. 현재 디지털 방송시설이 수도권·광역시까지만 보급된 상태로 시·군 수준으로 확대가 필요하다는 판단에서다.