국고보조금의 결정 및 통지시한을 2/4분기이내로 규제해야 한다는 목소리가 높다.
또 국고보조율의 기준을 객관화해 국고보조금의 투명성과 예측성을 제고해야 할 것으로 지적됐다.

최근 지방세 전문가들에 따르면 국고보조금의 필요성은 매년 크게 바뀌는 것이 아니기 때문에 보조금의 신청에 관한 정보가 상시적으로 공개되야 한다는 설명이다. 반면 현행 보조금 신청에 대한 정보는 일시적이면서 단시일내에 이뤄지고 보조금의 교부 역시 지연돼 보조사업의 사고이월을 초래하는 경우가 적지 않다는 지적이다.

이들은 따라서 모든 국고보조금의 배분을 2/4분기이내로 하는 것은 중앙관서의 예산운영을 경직화할 수도 있으므로 보조금의 75%정도를 2/4분기내에 교부·통지하도록 내부지침을 마련해야 한다고 강조했다.

이들은 또 국고보조금의 보조율이 객관적이어야 하는데 임의적으로 변경되거나 서울과 지방으로 구분되는 등 보조율이 자의적인 판단에 의해 결정될 가능성이 높다고 경고했다.
따라서 보조율을 정액과 1백% 75% 50% 25%의 5가지 유형으로 단순화하고 동일한 사업을 수행하는 경우는 동일한 보조율을 적용해야 한다고 주장했다.

한편 이들은 국고보조금으로 인해 지역간의 재정력 격차가 심화될 수 있으므로 국고보조금의 차등보조율 제도를 적절히 활용해야 한다고 덧붙였다.

또한 사업성과를 주민에게 공개해 지방정부의 책임성을 제고하는 것 역시 중요하다고 강조했다.