벤처기업 집적시설로 지정받은 토지는 취득세 등 지방세가 면제돼야 함에도 불구하고 3년이내에 지정이 취소됐고 이를 매각했다는 이유만으로 취득세 등 지방세를 부과한 것은 부당하다는 행정자치부의 결정이 내려졌다.

행자부는 최근 A某 청구법인이 ○○○구청장을 상대로 낸 취득세 등 지방세 부과처분에 대한 심사청구에서 이같은 결정을 내렸다.

행자부에 따르면 청구인은 벤처기업 집적시설로 지정받은 이 토지를 취득한 후 직접 사용하는 토지에 대해서는 취득세 등 지방세를 신고·납부하고 이를 제외한 나머지 면적에 대해서는 처분청으로부터 감면을 받았다.

또한 청구인을 포함한 6개 벤처기업이 동시에 입주해 사용면적의 일부를 공실로 둔 채 벤처기업 집적시설의 지정요건을 충족키 위해 노력했으나 최근 경기불황으로 입주 벤처업체들이 사업장을 옮기고 주거래 E은행이 금융비용 절감과 불필요한 인력을 감축해 재무구조를 개선할 것을 요청해 옴에 따라 이 토지를 부득이하게 매각했다.

처분청은 청구인이 벤처기업 집적시설로 지정을 받은 날부터 3년이내에 지정이 취소됐고 이 토지를 매각했으므로 취득세 등 지방세 추징대상이라고 판단, 舊 지방세법 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용해 산출한 세액에서 이미 납부한 세액은 차감하고 취득세 등 지방세를 부과·고지했다.

이에 대해 청구인은 "취득한 날로부터 1년이내에 벤처기업 집적시설로 사용했으므로 취득세 등의 추징대상으로 볼 수 없다"며 심사를 청구했다.

행자부는 이번 결정문에서 舊 지방세법 제276조제4항 단서규정에 의해 '취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 벤처기업 집적시설을 개발·조성하지 않는 경우에는 감면했던 취득세 등을 다시 추징해야 한다'라는 규정을 들어 부과·징수해야 마땅하나 국내 경기를 감안해 부득이하게 처분한 이 토지는 다른 벤처기업들의 이주와 은행의 요청 등이 있었음을 예로 들어 정당한 사유가 있다고 판단, 이같은 결정을 내렸다고 밝혔다.