정부는 강남·북간, 수도권과 지방간의 세부담 불균형 문제를 해결하고 부동산 투기를 근절시키기 위해 '부동산 보유과세 개편방안'을 마련, 내년부터 연차적으로 이를 시행할 것이라고 밝혔다.

행정자치부는 이번 개편안에서 1차적으로 건물 면적과 연도를 기준으로 부과하던 아파트 재산세를 시가로 적용하는 방법으로 변경해 형평성을 제고한다는 계획이다. 또한 과표 현실화를 적극 추진해 향후 5년간 매년 3%씩 인상하되 2006년부터는 각 지자체가 공시지가의 50%를 적용해 부과토록 규정한다는 방침이다.

가칭 '종합부동산세'를 신설, 부동산 과다 보유자들에게 선별 누진과세하고 전국에 있는 토지를 합산해 부동산 투기를 억제할 계획도 추진 중이라고 밝혔다.

행자부는 이번 개편방안에 대해 "지자체의 종토세와 재산세 과표는 현재 공시지가 대비 30% 수준으로 부동산 투기를 막는데 미흡했다"고 지적하고 "아파트 재산세의 경우도 시가를 반영해 부과하면 강남은 지금보다 60∼70%로 오르고 강북과 지방은 20∼30%로 내릴 것"이라고 전망했다. 또한 "과표 현실화로 늘어나는 지방세 수입은 지자체에게 필요한 재원으로 사용토록 하고 고가주택에 대해서는 적정수준의 세 부담이 이뤄지도록 조정할 계획"이라고 밝혔다.

한편 이같은 정부의 세제 개편안에 대해 전문가들은 稅 부담이 급증하는 등 조세저항을 초래할 수 있다고 지적했다.

지자체 A某 세제과장은 "이번 개편방안은 지자체에게 한마디 상의나 공지도 없이 이뤄졌다"며 "이렇게 중대한 정책사안을 두고 실무자들은 중·장기적인 발표를 읽고 난 후에 확인을 했다"라며 강하게 비판했다. 또한 "보유과세인 재산세나 종토세는 아무리 강화시켜도 '부동산 투기 억제'라는 취지와는 맞지 않는다"라고 덧붙였다.

지방세제 전문가는 "현재 시·군·구 소재 토지에 대해 종토세 외에 추가로 종합부동산세를 납부함으로써 이중과세 논란 및 위헌소지 논란이 있다"며 "현재 과세하고 있는 종토세가 있는데 굳이 세목을 나눠 추가적으로 부담하는 것은 이율배반적인 행동이 아니고 무엇이냐"고 반문했다.

이에 대해 행자부는 "종토세를 지방세와 국세로 이원화하는 것이며 지방세는 각 지방 처분청이 관할구역내 토지에 1차로 과세하고 국세인 종합부동산세는 전국의 토지를 합산해 세액을 산출한 후 납부한 지방세는 공제하고 징수하는 것이므로 이중과세가 아니다"라고 밝혔다.