'재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우는 받은 자에게 부과한다'라는 규정이 있음에도 불구하고 '단지 종교용으로 사용하는 부동산이 아니라 사용대차용을 이유로 취득세 등 지방세를 부과 고지한 것은 부당하다'는 행자부의 결정이 내려졌다.

행정자치부는 최근 C某 교회가 ○○시장을 상대로 낸 취득세 등 지방세 청구소송에서 이같은 결정을 내렸다고 밝혔다.

행자부에 따르면 청구인은 신앙수련을 위해 건축물을 증축한 후 고유목적인 예배, 교육, 훈련 등으로 직접 사용하면서 他 종교단체에게 일시적인 사용을 허가할 때는 사용대가를 받지 않고 무상으로 사용케 했다.

처분청은 이에 대해 '증축한 후 직접적인 용도로 사용하고 있지 않다'고 판단, 신고·납부하지 않았다는 이유로 취득세 등 지방세를 부과 고지했다.

이에 대해 청구인은 '직접 사용하고 있는 건축물로 봐 비과세돼야 한다'고 주장하며 심사를 청구했다.

행자부는 이번 결정문에서 '종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용키 위해 취득·등기하는 부동산에 대해서는 지방세를 비과세하지만 수익사업에 사용하거나 3년이내에 정당한 이유없이 그 용도에 직접 사용치 않는 경우는 지방세를 부과한다'는 규정은 적용되지만 지방세법 제124조에서 '재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우는 받은 자에게 부과한다'라는 규정을 근거로 이 건축물은 공부상에 등기가 경료돼 있지 않다고 판단, 이같은 결정을 내렸다고 밝혔다.