R&D 세액공제 조세지출 규모 급증

조세硏 "우대기술 범위 제한해야"

국책연구기관인 한국조세재정연구원이 높은 R&D(연구개발) 세액공제율을 적용하는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 비대화를 경계하며, 범위 제한과 국세청의 오·남용 방지를 위한 검증 강화를 주문했다.

김빛마로 연구위원은 24일 재정포럼 2025년 1월호에 실린 '우리나라 R&D 조세지원 현황 및 개선 방향: 연구·인력개발비 세액공제를 중심으로'에서 정부 재정의 효율적 운영의 관점에서 연구·인력개발비 세액공제 제도의 개선 방향을 모색했다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업 활용도가 가장 큰 연구개발 관련 조세지원제도다. 조세지출예산서에 따르면 2023년 실적 기준 연구･인력개발비 세액공제 지출액은 4조6천302억원으로, 연구개발 분야에 대한 총 조세지출액(5조643억원) 가운데 91.4%를 차지하는 것으로 나타났다. 지난해와 올해도 80% 이상 비중을 차지할 것으로 전망된다.

일반적인 R&D에 비해 높은 수준으로 지원하는 우대 기술(신성장·원천기술 및 국가전략기술)의 범위는 제도 도입 이후 꾸준히 확대되고 있다. 반면 기술 상용화, 지원 필요성 감소 등의 이유로 우대 기술에서 제외된 경우는 매우 제한적인 것으로 나타났다.

김 연구의원은 민간 혁신활동에 대한 정부의 적극적 지원을 전제로 두 가지 제도 개선방향을 제시했다.

먼저 신성장･원천기술 및 국가전략기술 범위의 비대화 방지 필요성을 강조했다. 신성장·원천기술 및 국가전략기술의 범위를 제한하고, 이미 상용화됐거나 첨단화 수준이 높지 않은 기술, 경제 안보 측면에서 중요성이 떨어지는 기술 등은 범위에서 제외해야 한다는 설명이다.

그 이유로 신성장·원천기술 및 국가전략기술을 중심으로 연구·인력개발비 세액공제 제도의 조세지출 규모가 급격히 확대되고 있다는 점을 들었다. 이와 함께 R&D에 대한 우리나라 정부의 지원 수준이 국제적으로 높은 편이라는 점과 최근 어려운 재정여건·향후 인구구조 변화 등으로 중장기적 재정건전성 확보 필요성이 크다는 점 등을 종합적으로 고려해야 한다고 밝혔다.

국세청에 의한 검증 강화 필요성도 제기했다. 제도의 오남용 방지를 위한 과세당국 차원의 노력을 강화하고, 특히 혜택 수준이 높은 신성장･원천기술 및 국가전략기술 관련 신청 건에 대해서는 검증 비중을 확대하는 것이 필요하다고 밝혔다.