세법개정으로 근로소득공제, 교육비공제, 의료비공제, 보험료공제 범위 등이  확대되었고, 신용카드 소득공제제도가 신설되었다. 또한, 전년까지 적용하던 근로자주식저축세액공제는 적용되지 아니한다.

가. 소득공제 관련
(1) 근로소득공제액 확대
[표]
(2) 의료비 공제한도 확대:100만원→200만원
  -기본공제대상자를 위하여 지출한 의료비총액이 급여액의 3%를 초과하는 경우  적용하는 의료비 공제한도 확대
(3) 보험료 공제한도 확대:50만원→70만원
  -보장성보험에 대한 보험료 공제한도 확대
(4) 주택자금 공제한도 확대:72만원→180만원
  -근로자의 주택자금마련저축 및 주택마련차입금상환액의 40%를 공제하는 주택자금  공제한도
  ＊장기주택마련저축을 5년이내 해지시 추징:불입액의 4%(연 72천원한도→180천원 한도)
(5) 투자조합 출자(투자)공제:20%→30%
  -투자조합 출자(투자)소득공제대상에 개인이 직접 벤처기업 및  기업구조조합에 투자하는 경우 추가
  ＊'99.8.31이전 출자분에 대하여는 20% 적용
(6) 교육비 공제 확대 등
  -공제액 계산 조정:소득세 또는 증여세가 과세되지 않는 각종  단체로부터 지급받은 장학금 또는 학자금상당액은 교육비 공제대상이 아니다.
  →소득세 및 증여세가 과세되지 않는 사내근로복지기금으로부터 자녀 장학금을 받은  경우 교육비 공제액계산에서 차감한다.
  -취학전(6세)아동의 학원비용 추가
  ＊미술·음악·영어·바둑·웅변·서예·무용 등의  학원에서(학원의설립·운영에관한법률에 의한 학원) 1일 3시간이상, 1주일에 5일이상 교습을 받는 경우에 한하여 적용한다(체육시설인 태권도장, 수영장 등의 이용금액은 공제대상이 아니다).
  -공제액 조정
[표]
(7) 신용카드 소득공제:신설
  -신용카드:신용카드(백화점 카드포함), 직불카드
여신전문금융업법에 의하여 허가 또는  등록된 신용카드(백화점카드포함)와 직불카드(＊선불카드 제외)
  ＊현재 7개 신용카드 전업사가 취급하는  신용카드와 백화점업계 및 일부  의류업계에서 신용카드업을 겸업중이다.
  -신용카드 사용기간
  ＊전년 12월1일부터 당해 연도 11월30일까지 사용분→'99년의 경우 9월1일부터 11월까지 사용한 분
  -공제대상액
  ＊본인·배우자·직계존비속이 국내에서 사업자로부터 재화·용역을 제공받고 사용한 것 (배우자·직계존비속의 소득금액이 100만원이상인 경우 제외, 외국에서 사용한 카드, 현금서비스 받은 것, 거래 취소된 것, 카드수수료 제외)
  -공제제외액
  ＊사업자의 사업관련사용액, 법인비용, 실거래없는 영수증
  ＊각종 보험료, 연금보험료, 의료보험료, 각종 교육비(취학전아동의 학원비 신용카드사용분은 공제가능)
  →병원비는 의료비공제대상이면서 신용카드공제도 된다.
  ＊국가 등에 납부하는 국세, 지방세와 전기료, 수도료, 전화료, 가스료, TV시청료 등
  -소득공제액 계산
  ＊신용카드 사용액이 연간 총급여액(비과세소득 제외)의 10%를  초과하는 경우 그 초과금액의 10% 공제(300만원과 총급여액의 10%중 적은금액을 한도로 한다)
  ＊'99년의 경우에는 9월부터 11월까지 받은 총급여액(비과세급여 제외)의 10%를 초과한 금액의 10%공제(100만원 한도)
  -제출서류
  ＊본인이 작성한 `신용카드 소득공제 신청서'와 신용카드업자가 확인한 `신용카드 등 사용금액 확인서' 제출
  ＊신용카드(백화점카드)의 경우 11월대금청구시기에 사용자에게 사용금액을 전산에 의하여 확인 통보예정(통보시 각종 교육비, 공과금 등을 제외한 금액을 통보예정)
  ＊통보받지 못하거나 본인사용액과 상이한 금액이 통보된 경우(사용자가  카드사에 확인신청하는 경우 즉시 확인 가능)

나. 근로소득계산 관련
■여객선·화물선의 선원에 대한 승선수당으로서 월 20만원이내 금액에 대하여는 소득세 비과세
-월정액급여 100만원이하인 선원법에 의한 부원(선장, 항해사, 기관사, 통신사, 의사  등 제외)이 받는 승선수당
■무주택조합원이 받는 주택자금 저리대출이자상당액에 대한 과세
-'99.1.1 이후 최초로 자금을 대여받음으로써 발생하는 소득
  ＊'98.12.31 이전 대여받은 금액은 2001.12.31까지 비과세
  ＊'98.12.31 이전 대여받은 금액의 상환기간만료로 이를 연장한 경우도 비과세