조세법의 목적은 국가 또는 지방자치단체의 재정수입 확보와 국민의 재산권 보장에 있다. 그러므로 조세법의 기본원리인 조세법률주의는 납세의무자, 과세대상, 과세표준계산, 세율 등 세금을 부과할 수 있는 요건을 법률에 명확히 규정할 것을 요구하고 있다. 또 조세법의 해석은 문언(文言)에 엄격해야 하고 소급과세를 금지하고 있다.

부가가치세법 제1조는 '재화의 공급'을 과세대상으로 규정하고 있다. 일반적으로 사업자가 소비자에게 재화를 공급하면 부가가치세가 과세되는 것이다. 그러나 부가가치세법에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 것과 면세로 규정하고 있는 재화의 공급은 부가가치세가 과세되지 아니한다. 이에 따라 부가가치세법 제6조제6항제2호는 '사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다'고 규정하고 있다. 여기서 '사업의 양도'라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(이하 '사업의 포괄양도'라 함)을 말한다.

현재 부가가치세가 과세되지 않는 '사업의 포괄양도'를 규정하고 있는 부가가치세법 제6조제6항제2호의 해석을 둘러싸고 과세관청과 납세자간에 벌어지는 조세쟁송으로 인해 과세관청과 납세자 모두가 인력과 자원을 낭비하고 있는 실정이다. 부가가치세법상 사업의 포괄양도와 관련된 주요 다툼은 사업양수자가 사업을 포괄양수한 후 업종을 변경한 경우 사업의 포괄양도로 보지 않는데서 발생한다. 예를 들어 양도자가 임대하던 사업용 건물을 포괄적으로 양수한 사업자가 임대차 관계를 종료하고 양수인이 공장용으로 사용한 경우 사업양도자와 양수자의 영위 업종이 다르다 해 사업의 포괄양도로 보지 아니하고 부가가치세를 과세하고 있다.

부가가치세법 어디에도 사업양수자가 양도자가 영위하던 업종을 승계해야 사업의 포괄양도에 해당된다는 명문규정은 없다. 그럼에도 불구하고 과세관청이 왜 이런 법 해석을 하는 것일까? 이는 부가가치세 과세대상 여부를 판단하는 시점을 오해한 결과이다. 부가가치세법 관련 조항을 종합 검토해 볼때 사업의 포괄양도 여부를 판단하는 시점은 부가가치세법 제9조에 규정하고 있는 거래시기(사업양도의 경우 일반적으로 잔금청산일)로 봐야 한다.

거래시기는 부가가치세법 제15조에 의거, 재화를 공급하는 사업자가 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래 징수해야 할 시기이고, 부가가치세법 제16조에 의거해 재화를 공급하는 자가 세금계산서를 공급받는 자에게 교부해야 할 시기이기도 하다. 이와 같은 부가가치세법 법리에 비춰볼 때 재화의 공급시기에 부가가치세 과세대상 여부를 판단할 수밖에 없다. 그리고 거래시기에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도·양수했다면 사업 양도자와 양수자간의 업종도 동일성이 유지되므로 사업의 동질성 유지에도 아무런 문제가 없다.

과세관청은 사업 양수자가 사업을 양수한 후 1개월후에 업종을 변경한 것은 사업의 포괄양도로 보고, 3일후에 업종을 변경한 것은 사업의 포괄양도로 인정하지 않는 등 부가가치세법에 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라 부가세법의 법리에도 맞지 않는 자의적인 법해석을 내놓고 있다. 사업의 포괄양도 여부 판단시기를 자의적으로 거래시기이후의 일정시점까지 연장한 결과이다. 이에 따라 거래시기(양도시기)에는 사업의 포괄양도에 해당된 거래가 사후에 업종변경 등 사업양수자의 일방적 행위에 의해 사업의 포괄양도 해당 여부가 좌우되는 불합리한 사례가 빈번히 발생하고 있는 것이다.

과세관청이 사업의 포괄양도 여부 판단시점을 거래시기 이후의 일정시점으로 연장하는 것은 부가가치세법상 명문규정이 없으므로 조세법률주의에 위배된다. 이와 같이 법규정을 확대해석함에 따라 예기치 못한 고액의 부가가치세 부담이 발생하는 등 사업양도자의 재산권과 예측가능성 및 법적 안정성이 부당하게 침해당하는 문제점을 야기하고 있다.

이러한 문제점을 해소하기 위해 부가가치세법상 사업의 포괄양도 해당 여부 판단시점을 사업의 양도일(거래시기)을 기준으로 함을 명확히 규정해야 한다. 한편으로 과세관청은 부가가치세법이 개정되기 전이라도 법해석 사례인 '예규'에서 사업의 포괄양도 여부 판단시점을 거래시기로 해석해 자의적 법해석으로 납세자의 재산권이 부당하게 침해되는 것을 미연에 방지하는 적극적 자세가 필요하다.