과점주주에 대한 과세제도를 운용하고자 할 때에는 실무적으로 다음과 같은 몇 가지의 문제점이 드러난다. 여기에서는 본 제도의 존·폐시 발생하는 여러 가지 문제점 및 개선방안을 제시해 보고자 한다.

1. 운용상 문제점 및 개선방안
(1)과점주주 해당여부 확인이 어렵다.
그 이유로는 첫째, 과점주주는 주주 또는 사원 1인과 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 금액 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식 총액 또는 출자총액의 1백분의 51이상인 자를 말한다.
그러나 실무적으로는 과점주주를 확인할 때 어느 특정인을 기준으로 지방세법시행령 제6조의 규정에 의한 친족과 기타 특수관계인에 있는 자를 포착하기란 그리 쉽지가 않다는 것이다.
예를 들면, A법인의 주식 보유현황이 갑주주 20%, 갑의 이모부 10%, 갑의 처남의 배우자 5%, 갑의 외삼촌 10%, 특수관계인 10%로 주식이 분포되어 있다면 이들의 사실관계를 확인하기란 그리 쉽지가 않다.

본인이 법인 세무조사시 경험한 사례를 소개하면, ○○관광 주식회사의 주식이동상황명세서를 관할세무서에서 확보하는데 상당한 어려움이 있었으며, 그나마 사실관계를 확인하던 중 이해관계가 있는 주주인 수감자에게 주주들의 관계를 질문하는 가운데서 A주주와 사실상의 혼인관계에 있는 자 등 친족의 보유주식을 합하여 과점주주에 해당된다는 사항을 인지하였으나, 사실상 혼인관계만을 가지고 이를 뒷받침하여 과세할 수 있는 증빙자료를 확보하기도 어려웠고 수감자도 이를 번복하여 부인하는 바람에 과점주주에 대한 취득세를 과세할 수가 없었다.
이에 대한 개선방안으로는 과점주주에 대한 취득세 부과시 친족 기타 특수관계인의 범위를 공부상 확인가능한 범위로 한정하여 사실상 혼인관계를 포함하는 경우를 폐지하여야 할 것이다.

그리고 비상장법인들이 세무서에 제출하는 주식이동상황명세서상의 관계란의 표기를 허위로 기재하면 사실상 과점주주를 포착하기가 어려우므로, 이를 허위로 기재하므로 과점주주가 되지 않았다가 나중에 친족 등 특수관계에 대한 정밀재조사시 과점주주로 판명될 경우 이를 강력하게 제재할 수 있는 법률적인 뒷받침이 필요하다고 본다.