분식회계법인이 과다 납부한 세금에 대해 신의성실의 원칙을 적용할 것이냐, 실질과세의 원칙을 적용할 것이냐의 논란이 국회로 옮겨와 심사과정에서 진통이 예상되는 가운데 국세청 등 정부는 실질과세의 원칙을 적용한다는 방침을 정한 것으로 알려졌다.

이는 현재 SK글로벌이 '99년부터 2001년까지 3년간 법인세 466억원을 환급해 달라며 국세심판원에 심판을 청구 중인 것에 대해 국세청 내부에서 실질과세의 원칙을 적용해 환급해줘야 한다는 내부 방침을 정한 것으로 전해지고 있다.

국세청의 한 관계자는 "현재 국세심판원에 제기된 SK글로벌(현 SK네트웍스)에 대해 논란이 많았지만, 실질과세의 원칙에 의해 환급해줘야 한다는 쪽으로 기운 것으로 안다"고 밝혔다.

특히 이같은 이면에는 재경부가 지난 9월 정부안으로 '내국법인이 허위 또는 자산을 과다하게 계상하거나 손비 및 부채를 과소하게 계상함으로써 과세표준을 과다하게 계상해 법인세를 납부한 후 환급을 경정청구하는 경우 이를 즉시 환급하지 않고 그 환급금의 범위안에서 향후 5개 사업연도의 기간동안 발생하는 법인세액에서 순차적으로 차감한 후 잔액이 있는 경우에만 환급한다'는 것을 주요 내용으로 제58조의3, 제66조제2항제4호, 제72조의2를 신설하는 법인세법중개정법률안을 국회에 제출, 현재 심사를 기다리고 있는데  따른 것으로 풀이되고 있다.

그러나 이같은 방침에 국회 이한규 전문위원은 "분식회계는 기업이 사실과 다른 회계처리를 통해 우량기업으로 가장해 주주와 채권자를 기망하는 등 죄질이 나쁘므로 선의의 납세자 보호를 위한 국세환급금제도를 분식회계에 동등하게 적용하는 것은 실질적 법치주의에 어긋난다"고 지적하고 있다.

그는 "개방화 시대에 기업의 분식회계는 국가의 대외 신인도를 저해하고, 국가 전체적으로 유형 도는 무형의 폐해가 지대하므로 분식회계를 방지할 수 있는 모든 제도적 장치를 강구해야 한다"며 "현재 각종 보고서의 허위 기재에 대해 법인, 감사인(공인회계사 포함) 등에 대한 제재 규정을 증권거래법, 주식회사의외부감사에관한법률 등에 규정하고 있음에도 불구하고 분식회계가 빈번히 행해지고 있으므로 이에 대해 세제차원에서 제재장치를 강구할 필요가 있다"는 견해를 피력하고 있다.

정동영 의원(열린 우리당) 역시 지난 9월22일 국세청 국감에서 "SK네트웍스(구 SK글로벌)가 분식회계를 통해 과다 납부한 법인세 466억4천만원의 경정청구와 관련, 이는 민법상 도박과 같은 불법원인급여이므로 이를 반환하거나 5년간 법인세액에서 차감하는 것은 법리적으로 타당하지 않다"는 입장을 표명한 바 있다.

이에 따라 지난 28일부터 시작된 국회 재경위 법안심사소위(위원장·김정부)에서도 이 문제에 대해 심의과정에서 상당한 진통이 예상되고 있다.