민선 지방자치제가 도입된 이후 지금까지 지방세 확충에 대한 논의가 끊임없이 이어져왔으며, 그 중심에 지방소득세와 지방소비세가 있었다. 우리나라 지방재정의 중요한 특징으로 수직적 불균형(vertical imbalance)이라고 부르는 중앙·지방간 불균형을 들 수 있을 것이다. 지방이 전체적으로 중앙정부보다 지출을 많이 하는 상황에서 세수입은 80%가 중앙정부에 집중되어 지방자치단체는 중앙정부의 지원에 의존하여 재정을 운영하고 있다. 그 결과 나타나는 지방재정 자립도의 하락은 지방재정의 자율성 및 자치단체장의 지방재정에 대한 책임성을 저하시키는 결과를 초래하게 된다. 이러한 문제를 개선하려면 지방의 자체재원인 지방세를 확충해야 하며, 대규모로 지방세를 확충하기 위해서는 국세의 근간이 되는 소득세와 소비세의 일부를 지방으로 이양해야 한다는 것이다. 이러한 논리는 광범위한 지지를 받았으며, 오랜 논의 끝에 부처간 합의를 거쳐 지방소득세와 지방소비세를 도입하게 된 것이다.

그러므로 지방소득세 및 지방소비세의 도입을 통해 얻고자 하는 가장 중요한 - 어쩌면 유일한 - 기대효과는 지방재정의 자율성 제고이다. 특히 주어진 재원을 지방이 자율적으로 사용하는 것을 의미하는 세출 자율성이 아니라 세입의 규모에 대해 지방자치단체 장이 주민의 의사를 물어 변화를 가할 수 있는 자율성 즉, 세입의 자율성이 중요한 의미를 지난다. 그러므로 지방세의 확충은 지자체 장이 과세표준이나 세율의 결정에 영향력을 행사할 수 있는 자주적 지방세를 확충하는 방향으로 진행되어야 한다.

그런데 지방소비세는 자주적 지방세가 아니다. 부가가치세는 특성상 지역간 세율 격차를 허용하기 곤란하고 행정도 국가에서 담당하는 것이 효율적이어서 국가에서 세금을 징수하여 지역에 배분할 수밖에 없다. 배분에 있어서도 지역별 세원을 정확하게 파악하기 곤란하여 통계청에서 발표하는 통계자료를 근거로 하며, 게다가 지역별 특성에 따른 가중치를 적용하여 지역간 재정조정의 성격을 가미하여 어떻게 보면 지방세라기보다는 지방교부세의 성격을 더 많이 갖고 있다고 할 수 있을 정도이다. 지방소비세 도입으로 인해 (지방세+세외수입)/(지방재정 세입)으로 계산한 지방재정자립도가 개선된다고 하여도 그것이 지방재정의 세입 자율성을 개선하였다는 것을 의미하지 않는다. 또한 지방소득세는 원래 지방세이던 것을 명칭만 변경한 것이므로 역시 세입 자율성에 아무런 영향을 주지 못한다. 

그러므로 지방소득세·지방소비세 도입으로 인해 지방재정 세입의 자율성은 개선되지 않았으며, 도입 이후 지방재정의 가장 중요한 과제 역시 도입 이전과 마찬가지로 세입의 자율성을 제고하는 것이다. 그런데 지난 10여년간의 지방소비세·지방소득세 도입 논의와 결과는 우리에게 중요한 시사점을 제공한다. 그중 가장 중요한 것은 부가가치세의 지방이전을 통해 지방재정 세입의 자율성을 제고하는 것은 불가능하다는 점이다. 자치단체장에게 과세 재량권을 부여할 수 없는 한편， 지역간 재원배분의 불균등을 완화하기 위해 또 다른 지방재정조정제도를 도입할 필요성만 강화될 뿐이다. 소득세의 경우 기술적인 측면에서 자주적 지방세 방식의 지방이양이 불가능한 것은 아니나 역시 재원의 불균등한 분포가 중앙정부 차원에서의 일률적인 지방이양을 통해 지방의 과세자주권을 신장하는 것을 어렵게 만드는 정치적인 요인이 된다.

이런 문제를 피하면서 지방재정의 세입 자율성을 제고하는 방법은 각 지방이 지역의 특성에 맞게 자율적으로 세입의 자율성을 제고하는 것이다. 현재 취득세 등 주요 세목에 탄력세율을 적용할 수 있도록 허용하고 있는데, 그 권한을 최대한 활용할 경우 지방세 수입을 40% 정도 확대하거나 축소할 수 있다. 그러므로 지방세율 인상을 통해 재원을 확충할 수 있는 지방은 과감하게 세율을 인상하여 자체재원을 확충하여야 할 것이다. 기존 세목 외에도 지역의 특성에 맞는 새로운 세목을 개발하여 지역별로 다양한 방법으로 세수입을 확충하는 방안을 생각해 볼 필요가 있다.