창업중소기업이 물류창고를 취득해 임대 형태를 일부 띠더라도, 임차인과 함께 화물보관방식에 따라 창고업을 운영했다면 취득세 감면대상이라는 감사원의 결정이 나왔다.

감사원이 26일 공개한 2025년 주요 결정례(2024-심사-18)에 따르면, 중소기업인 A사는 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을 영위하기 위해 2021년 경기도 이천시에 물류창고를 신축하고 취득세 등 5억8천36만원을 납부했다. A사는 2022년 지방세특례제한법 제58조의3에 따라 ‘창업중소기업의 부동산 취득’에 따른 취득세 감면을 신청했다.

하지만 관할 지자체는 "A사가 해당 창고를 제3자에게 임대하고 있어 감면 요건인 ‘직접 사용’에 해당하지 않는다"며 A사의 경정청구를 거부했다.

지방특례제한법 제58조3에 따르면, 창업중소기업이 보관 및 창고업을 영위하기 위해 부동산을 취득하는 경우 취득일로부터 3년 이내에 해당 사업에 ‘직접 사용’해야 한다. 직접 사용하지 않는 경우 취득세를 추징한다.

A사는 창고임대차계약에 따라 임차인에 창고를 임대했지만, 처분청으로부터 고압가스냉동제조 허가를 받은 후 오수처리, 소방안전관리, 경비 및 출입통제 등을 하기 위해 용역계약을 체결하고 직원을 채용해 창고를 운영하는 등 직접 관리하고 있다고 주장했다.

감사원은 취득세 감면대상에 해당한다고 A사의 손을 들어줬다. A사가 물류창고임대업으로 창업했지만, 해당 창고를 취득해 임차인과 정한 화물보관방식에 따라 해당 창고를 이용하는 창고업을 직접 운영하면서 수익을 실현한 점을 고려하면 감면대상에 해당한다고 판단했다.

감사원은 “물류창고에 대한 화물보관방식이 기존의 수탁창고 방식에서 임대창고 방식으로 변화하고 있는 현상을 고려할 때 임대창고를 물류사업에서 배제하는 것은 물류사업의 현실에 부합하지 않는다”며 “임대창고 방식의 운영을 목적으로 체결된 창고 임대차계약을 단순한 부동산 임대차계약으로 볼 수는 없고, 임대창고 방식으로 창고를 운영하더라도 임대인이 해당 창고 건물을물류시설운영업(창고업) 자체에 직접 사용했다고 봄이 타당하다”고 밝혔다.