경정청구란 이미 신고결정 및 경정된 과세표준과 세액 등이 과대한 경우 과세관청으로 하여금 이를 정정해 결정 또는 경정하도록 촉구하는 납세자의 청구를 말한다. 이는 납세자의 재산권 보장과 관련된 주요한 제도로서 통상적인 경우와 후발적인 경우의 2가지가 있다.

이하에서는 후발적 사유의 경정청구권행사와 국세기본법 제26조의2의 규정(국세부과의 제척기간)과의 관계를 과세관청의 행정 해석 등과 대법원 판례의 경우를 비교해 보기로 한다.

대량 반복적으로 발생하는 조세의 부과는 조세법률관계의 조기 안정 및 세무행정의 능률적 운용 등을 목적으로 납세자 및 과세관청의 권리행사를 일정기간내에 행사하도록 제한하고 있다.

이에 따라 국세기본법 제26조의2에서는 국세부과의 제척기간에 관한 규정에 의거，당해 국세부과의 제척기간이 경과한 후에는 국세를 부과할 수 없도록 하고 있으며, 동법 제45조의2의제1항에서 경정청구권의 행사는 법정신고기한 경과후 3년이내에 행사하되, 동 제2항이 규정한 특별한 경우에는 당해 사유를 안 날로부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

그러나 과세관청의 행정해석에서는 '국세기본법 제45조의2제2항에서 규정하는 사유로 인한 경정청구는 법 제26조의2에서 규정하는 국세부과제척기간내에 청구해야 한다.(45의2-0-1, 2004.2.17)'라고 규정해 사실상 경정청구의 범위를 법적근거없이 제한하고 있다.

또한 국세심판청구 결정례에서는 "국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 규정이므로 국세징수권의 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없어 그 기간이 경과하면 과세관청의 부과권은 소멸해 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없는 것인바, 비록 청구인의 경정청구가 후발적 경정청구 사유에 해당하더라도 부과제척기간이 만료된 과세기간에 대하여는 후발적 경정청구 사유로 인해 경정결정할 수는 없는 것이므로 처분청이 쟁점소득세의 부과제척기간이 경과했다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심 2003 서 2558, 2003.10.21)'라고 결정한 바 있다.

그러나 대법원 판례에서는 '국세기본법 제45조의2제2항제1호에 의하면, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의해 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는 바, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대해 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의해 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 국세기본법 제45조의2제2항제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다고 할 것이다.

따라서 후발적 사유에 의한 경정청구도 그 사유가 있는 경우에 그 권리행사가 가능해야 한다. 다시 말해, 후발적 사유에 의한 경정청구는 조세를 부과함에 있어서 실체적 진실의 발견원칙에 충실하려는 제도이므로 자기의 의사가 아닌 외부의 후발적 사유에 의한 경정청구가 경정청구 당시 제척기간이 도과됐음을 이유로 이에 대한 필요한 처분을 할 수 없다면 그 청구의 사유가 자기의 의사가 아닌 외부의 후발적 사유에 의한 이유에서 발생된 권리의 손실을 납세자가 감수해야 하는 바, 제척기간의 제한으로 후발적 경정청구의 제도의 취지를 훼손 또는 몰각하게 되는 것이다. 이는 실질과세의 원칙과 정의와 형평의 원칙과도 부합되지 않기 때문이다.

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