지방세법상에서는 학교법인이 교육에 직접 사용하는 교육용 부동산, 즉 교사시설에 대해서 비과세로 정해 특별히 보호하고 있지만 수익사업에 이용되는 학교법인의 수익용 부동산에 대해서는 취득·등록세를 과세하고 있다. 이에 따라 교사시설과 수익사업을 어떻게 구분할지 정확한 규정마련이 선행돼야 한다는 지적이 일고 있다. 다음은 배병일 영남대 법과대학 교수가 제기한 학교법인 수익사업에 대한 과세문제를 정리한 것이다.

Ⅰ문제의 제기
헌법상 국민의 교육을 받을 권리(제31조제1항)는 국민이 국가에 대해 교육을 요구할 수 있는 권리라기보다는 국가가 국민에게 교육을 제공해야 할 의무라고 봐야 한다. 국가는 정부예산 사정상 이러한 헌법상 의무에 근거한 교육책임자로서의 기능을 포기했고, 이에 사립학교 학교법인이 국민에 대한 교육기능을 국가로부터 위임받아 담당하고 있다. 우리나라 고등교육에서 차지하는 비중이 매우 높은 사립대학은 전체 예산 중에서 학생등록금에 의존하는 비율이 지나치게 높은 취약한 재무구조를 가지고 있다. 국가 및 지방자치단체의 사립대학에 대한 지원은 미미하고, 전체 사립대학의 학생등록금의 평균 인상율은 2000년 9.2%, 2001년 5.9%, 2002년 6.57% 등으로 물가상승율을 상회하고 있다. 국가 및 지방자치단체의 직접적인 재정지원에 의해 운영되는 국·공립대학과는 달리 사립대학은 대학의 경쟁력을 강화하고 양질의 교육을 보장하기 위해서는 투자재원의 확보가 시급하다. 학교법인이 사립대학에 대한 기여도를 높이고 사립대학의 재정자립도를 높이기 위해서는 학교법인 스스로 그 재원을 조달할 수밖에 없다. 이러한 방법으로 기여입학제, 대학발전기금, 수익사업 등이 고려될 수 있다. 그 방법 중 학교법인이 수익사업을 활성화시켜 많은 수익을 얻고, 이를 산하 대학에 법인전입금으로 전출시키는 것이 합리적이다.

그런데 사립학교법과 지방세법 등에서는 학교법인에 대하여는 원칙적으로 비과세하지만, 예외적으로 수익사업을 하는 경우에는 과세하도록 하고 있다. 그래서 원칙적으로 학교법인이 교육에 직접 사용하고 있는 학교법인의 부동산, 즉 교육용 부동산(교사시설)에 대하여는 매도, 담보제공을 금지하거나(사립학교법 제28조제2항 참조), 용도구분에 의한 비과세(지방세법 제107조, 제127조, 제186조)로 해 특별히 보호하고 있지만, 예외적으로 수익사업에 이용되는 학교법인의 부동산, 즉 수익용 부동산에 대하여는 매도를 허용하거나 취득세, 재산세 등을 과세하고 있다. 따라서 본고에서 논의하고자 하는 수익사업의 과세문제는 수익사업에 관한 문제이기도 하지만, 그에 선행해 과세되는 수익사업과 비과세되는 교사시설을 어떻게 구분할지 그 기준을 명확하게 할 필요가 있다.

그런데 교사시설과 수익사업과의 개념에는 명백한 구분이 있는 것이 아니고 그 사이에는 개념상의 스펙트럼이 광범위하게 분포돼 있다. 즉 동일한 부동산이라도 학교가 직접 교육에 사용하는 경우와 수익사업에 사용하는 경우를 명백하게 구분할 수 없는 경우가 많다. 그래서 지방세법상 원칙적 조항을 적용함에 있어서는 그 범위를 넓게 봐야 하고 해석도 너그럽게 해야 하지만, 예외적인 조항을 적용함에 있어서는 그 범위를 좁게 봐야 하고 또한 해석도 엄격하게 해야 할 것이다.

최근 사립대학이 사회적 요구에 따라 앞다퉈 게스트하우스, 교직원 아파트, 학교기업 등 다양한 교육시설을 설치하고 있다. 다른 한편 지방자치의 실현으로 재정구조가 취약한 지방자치단체로서는 적극적으로 지방세의 세원을 발굴하고자 노력하고 있다. 지방자치단체의 무리한 과세와 대학의 새로운 교육시설이 충돌할 경우에 자칫 사립대학의 운영에 주름이 생기고, 나아가 헌법상 학문의 자유에 대한 침해 여부가 논의될 가능성이 있어 예산구조가 취약한 사립대학으로서는 이에 대해 많은 관심을 가지고 있다.

본고에서는 먼저 학교법인 수익사업의 개념을 살펴보면서 교육시설과의 구분에 대해 일별한 후, 수익사업의 특징과 세법상 문제점에 대해 고찰해 보고자 한다.