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10. '97년1월13일 사립학교법을 개정하면서 학교법인의 채무부담에 관해 제28조제1항 단서 '경미한 사항'을 신설한 것은 학교법인의 재량을 인정한 것으로 타당하다. 그러나 이를 빌미로 2002년3월30일 사립학교법 시행령 제11조제5항 개정시에 위 경미한 사항을 확대 해석해 최고 200억원의 금융기관 차입금으로 범위를 넓힌 것은 학교법인이 수익사업의 투자재원을 확보하기에 용이하다는 장점이 있기는 하지만, 사립학교'법'의 개정에 많은 시민단체 등 관련 단체들의 찬반으로 논란이 일자 이를 회피하기 위한 편법적 입법개정이다. 이는 위임입법의 범위를 벗어난 위법한 '시행령'의 개정으로 무효라고 볼 수 있을 만큼 매우 문제가 있다. 사실상 이 개정으로 사립학교법 제73조제2호의 형사처벌조항은 사문화됐다.
11. 사립학교법 시행령 제11조제5항제1호에서 학교법인이 수익증대를 목적으로 다른 수익용 기본재산으로 대체취득하기 위해 수익용 기본재산을 매도 또는 교환하는 경우라고 규정한 것은 첫째 수익증대를 목적으로 한다는 입증을 어떻게, 누가, 어디에 해야 하는지 의문이다. 또한 수익용 기본재산이 토지, 임야 등 부동산인 경우 이를 매도할 당시의 시세와 공시지가가 현저히 다를 경우에는 학교법인이 이를 악용해 그 차액을 학교밖으로 유출할 가능성이 있고, 공시지가보다 시가가 높은 부동산을 공시지가로 매도한 후 공시지가보다 비싸게 부동산을 대체매수했다고 신고할 경우에는 중복차액을 남겨 이를 학교밖으로 유출할 여지가 있다. 특히 건물의 경우에는 공시지가제도가 없기 때문에 문제가 있다. 또한 토지도 교육용 기본재산을 수익용 기본재산으로 변경한 후 다시 수익용 기본재산을 수익증대를 목적으로 매도할 경우에 교육용 기본재산의 감소를 막을 방법이 없는 것이 문제이다.
12. 사립학교법 제29조제6항에서는 교비회계에 속하는 수입을 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없도록 하고 있고, 이를 위반할 경우에는 학교법인의 이사장 또는 대학의 총장은 2년이하 징역 또는 2천만원이하 벌금 형사처벌대상이 된다(사립학교법 제73조의 2). 한편 타인의 재물을 보관하는 자가 그 재물을 횡령하는 때에는 횡령죄로 5년이하의 징역 또는 1천500만원이하의 벌금에 처한다(형법 제355조제1항). 이에 따라 대부분의 학교법인은 현금 등 유동성이 많지 아니하기 때문에 학교법인이 직접 수익사업에 투자할 자금여력이 없는 경우가 많고, 이 경우에 사립대학의 학교법인이 교비회계에 속하는 학생들의 등록금 수입을 직접 수익사업에 투자하는 때에는 형법상 횡령죄의 위반과 사립학교법 제73조의2의 위반이 문제될 수 있다.
최근 대법원은 수개의 학교법인을 운영하는 자가 각 학교법인의 금원을 다른 학교법인을 위해 사용한 경우, 甲 학교의 교비회계자금을 같은 학교법인에 속하는 乙 학교의 교비회계에 사용한 경우에 횡령죄를 인정했다. 그렇다면 교비회계에 속하는 수입으로 학교교육시설 중 학교복지시설 내지 후생시설에 속하는 시설물을 건축한다고 예산을 편성한 후 신축해 건물의 관리운영상 외부인에게 임대 또는 경영위탁케 해 사용하는 경우에 사후에 세무서나 법원이 이 건물을 수익사업이라고 판정해 지방세를 부과한 경우에 횡령죄가 문제될 수 있다.
