세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이다.

그러므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가세의 매입세액은 공제돼야 한다는 기존의 판례에 따라 1·2심에서 모두 국가패소해 대법원에서 국가패소가 거의 확실시됐다.

그러나 소송수행자는 대법원에 상고제기시 원심에서의 인용한 판례들의 부적정, 쟁점조항의 입법취지 실질과세 원칙의 적용범위, 당해 사건이 대법원 전원합의체 판결 대상임을 주장함으로써 대법원으로부터 파기환송 판결을 얻어내어 국가승소(100%) 반전시켰다.

□ 사실관계
○피고 ○○세무서장은 원고에 대해 '99년4월6일∼4월13일까지 부가가치세 특별조사를 실시함

- 원고는 '98년1월1일∼12월31일까지 발행한 세금계산서를 모두 신고했으며 신고내용 이외에 다른 세금계산서를 발행하거나 수취한 사실이 없다고 '99년4월7일 서면확인함

-원고는 '98년도 중 거래처 K주유소, I주유소와의 매출·매입거래내역을 '99년4월13일 구체적으로 서면확인함(K주유소⇒매출:4억7천624만1천원, 매입:3억2천571만6천원/I주유소⇒매출:6천860만6천원, 매입:3억7천802만3천원)

○ 원고는 '98년 제1기 및 제2기분 부가가치세를 '99년4월10일에야 수정신고하면서 이 건 쟁점 매입세액을 매출세액에서 공제함

○ 피고는 원고의 부가가치세 수정신고 중 이 건 쟁점매입세액은 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 봐 매입세액 불공제후 수정신고시 납부하지 아니한 추가납부할 세액을 가산해 '99년6월1일 원고에게 98년 1기분 부가가치세 6천933만7천930원, 98년 2기분 부가가치세 5천448만650원 합계 1억2천381만8천580원을 결정·고지함

□ 과세내용
○ 피고는 원고의 부가가치세 수정신고 중 이 건 쟁점매입세액은 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 봐 매입세액 불공제후 수정신고시 납부하지 아니한 추가납부할 세액을 가산해 '99년6월1일 원고에게 98년 1기분 부가가치세 6천933만7천930원, 98년 2기분 부가가치세 5천448만650원 합계 1억2천381만8천580원을 결정·고지함

□ 쟁점
○ 과세기간 경과 후 소급 작성한 세금계산서의 매입세액 공제여부

□ 원고주장
○ 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제돼야 함

□ 소송수행내용(상고제기)
○ 1심 판결은 기존의 대법원 특정 판례 등을 들어 거래시기이후에 소급작성해 교부받은 매입세금계산서일지라도 거래사실이 확인된다면 매입세액을 공제함이 정당해 모두 국가패소로 판결했으나, 당해 사건이 대법원에서 국가패소로 확정될 경우, 부가가치세법과 국세행정에 혼란을 초래할 중대한 사건으로 인식하고 원심 판결에 대해 적극적인 자세로 심층분석한 결과, 1·2심 판결에서 인용한 대법원 판례는 세금계산서의 적법성에 대한 기존의 다수 대법원판례에 반한 것으로써 세법규정의 잘못된 해석과 수정세금계산서와 과세기간 경과후 소급 작성된 세금계산서와의 차이를 오해한 것으로 판단해 쟁점조항의 입법취지, 실질과세 원칙의 적용범위, 그간 명쾌하지 못한 대법원 판례를 변경 또는 일원화하고자 하는 취지로 대법원이 종전의 견해를 변경하는 것에 해당하는 판시에 대하여는 법원조직법 제7조제1항제3호의 규정에 의한 대법관 전원합의체에서 심판해 줄 것을 상고제기를 통해 적극 주장함

□ 판결요지
<1심 판결>:세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급 시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제돼야 할 것임(국가패소판결)

<2심 판결>:위 1심 판결이유와 같음(국가패소판결)

<대법원 파기환송 판결>

법 제17조제2항제1호의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성연월일'이 '사실과 다르게 기재된 경우'라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 시행령 제60조제2항제2호에 의해 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제돼야 하지만 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서 상의 '작성연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래 시기 또는 어느 특정시기로 소급해 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 봐야 할 것인 바(대법원 '90년2월27일 선고 89누7528 판결, '91년4월26일 선고 90누 9933 판결, '91년10월8일 선고 91누 6610 판결, '93년2월9일 선고 92누 4574 판결, '95년8월11일 선고95누 634 판결 등 참조),

그 이유는 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행 교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행해지는 부가세의 특성상 위와 같은 상호검증기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간내에 정상적으로 이뤄지는 것이 필수적이기 때문이다.

따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급해 작성했다 하더라도 부가가치세법 제17조제2항제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제돼서는 아니된다 할 것이다.

이와 달리 세금계산서가 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성 교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치의 매입세액은 공제돼야 한다고 판시한 대법원 '87년5월12일 선고 85누398 판결, '88년2월9일 선고 87누964 판결, 2001년8월24일 선고 2000두581 판결, 같은 날 선고, 2000두 8097 판결은 이와 저촉되는 범위내에서 변경하기로 한다(이하 생략).

□ 시사점
○ 당초조사·과세자

그동안 과세기간 경과후 소급작성된 세금계산서에 대한 매입세액을 공제할 것인지에 대해 상치되는 많은 판례로 인해 조사 및 자료처리 과정에서 많은 혼선이 있었다.

그러나 이 사건 확정판결로 인해 세금계산서의 적법성이 명확히 규명됐고, 진행 중인 동일 쟁점의 행정소송사건이 모두 국가승소로 종결됨에 따라 당초 조사자 및 과세자는 세법규정 적용만으로도 당초처분을 유지하고 납세자와의 불필요한 조세마찰을 피할 수 있었다.

○ 소송수행자

소송수행자는 진행 중인 각 소송사건이 모두 국세행정에 중대한 영향을 미칠 수 있다는 인식을 가져야 한다.

특히 국가패소 사건일지라도 패소원인을 심층 분석, 관련 판례 및 자료수집 등을 통해 법관을 적극 설득·대응한다면 의외의 반전결과를 이끌어낼 수도 있음을 상기해야 한다.

○ 시사점

이 건 1·2심 판결에서 모두 국가 패소해 당초 처분유지를 기대하지 않았던 사건이었다.

그러나 이 건의 쟁점사안이 대법원의 확정판결로 국가패소할 경우, 이는 소가(訴價)의 크기가 문제가 아니라 국세행정 전반에 중대한 혼란을 초래할 수 있다고 판단해 끝까지 포기하지 않았다.

이를 위해 상고제기해 원심의 판결취지를 심층검토하고 당해 판결에 영향을 미친 관련판례를 수집한 다음, 다른 유사 판결문과 비교 검토하는 방식으로 당해 과세처분의 당위성을 설득 대응함과 동시에 원심에서 인용한 판례들이 대법관 전원합의체의 산물이 아님을 찾아내어 이를 주장했다. 대법원은 소송수행자의 주장을 받아들였고, 이 건 대법관 전원합의체에 상정해 원심에서 참조한 그간의 판례는 이와 저촉되는 범위내에서 변경키로 결정한다는 원심파기환송판결, 국가승소로 반전시킬 수 있었다.

따라서 국가패소가 예상되는 소송사건일지라도 객관적인 입장에서 재판부가 중요하게 생각하는 판단자료가 무엇인지, 적절한 판례 등의 발굴, 과세처분의 정당성이나 원심 판단의 부당성을 적극적으로 주장함으로써 이러한 점이 재판부의 결정적인 판단근거가 되도록 하는데 역점을 둬야 한다.