국세청의 세무조사와 관련, 앞으로 일선 세무서에서 세무조사를 실시하다가 조사대상 과세기간을 확대할 경우 반드시 납세자보호담당관의 심사를 거친 뒤, 세무서장의 승인절차가 명시된다.

또한 소규모 납세자의 조사기간과 조사범위가 사전에 예고되는 등 세무조사에 대한 납세자의 대응성이 크게 강화된다.

이는 그동안 일선 세무서 조사과에서 조사대상 과세기간을 확대할 경우 이를 조사공무원이 자의적으로 집행해 온 면이 적지 않았다는 재계 등 외부의 지적에 따른 것이다. 

국세청에 따르면 일선 세무서에서 세무조사 집행시 조사대상에 대한 과세기간을 확대하고자 할 경우, 구체적인 탈루혐의를 비롯, 조사범위 확대사유를 제한하기로 했다.

이에 따라 국세청은 조사를 집행하는 일선 세무서 조사과 이외의 납세자보호담당관의 심사를 거친 후에 세무서장이 승인을 하도록 하는 등 엄격한 내부승인절차를 규정함으로써 조사공무원의 자의적인 집행을 통제할 방침이다.

한편 국세청은 소규모 납세자에 대한 조사기간과 범위를 사전에 예고해 세무조사에 대한 납세자의 대응성을 강화하기로 했다.

이를 위해 소규모 납세자의 경우 조사기간을 ▶연간 외형기준 100억원 법인은 15일로 ▶10억원미만 개인은 7일로 명확히 규정하고, 연장기간의 최대 한도를 60일, 30일로 엄격히 제한했다.

이같은 국세청의 방침은 세무대리인의 세무상 조력을 받기 힘든 영세납세자의 세무간섭을 최소화하기로 한데 따른 것이다.