이번 2006년 세제개편(안)은 현 경기회복세가 지속될 수 있도록 기업투자 및 외국인투자, 연구개발 투자 등에 대한 기존의 조세지원제도를 유지하고, 직업훈련 및 교육비 등에 대한 세액공제 혜택을 확대함으로써 성장잠재력 확충을 지원하는 내용이 담겨 있다.

또 기업의 경제활동을 돕기 위해 기초원자재에 대한 기본관세율을 인하하고, 창업중소기업에 대한 감면제도 일몰 연장, 중소물류기업 구조조정 지원세제 신설을 통해 중소.벤처기업 및 서비스산업 지원에 나서기로 했다.

▲ 기업투자 활성화 = 올해 말 종료되는 산업재해예방시설 등 환경.안전설비에 대한 투자금액 3%를 공제해 주는 제도를 2009년 말까지로 일몰을 연장했다.

첨단기술설비 등 생산성향상시설 투자금액에 대한 세액공제와 사회기반시설채권 등의 이자소득에 대한 분리과세 혜택도 2009년 말까지로 연장하고, 기업도시에 참여하는 기업, 경제자유구역내의 외국인투자기업이 얻은 양도차익에 대해 2009년 연말을 일몰시한으로 과세이연 혜택을 주기로 했다.

▲ 외국인 투자활성화 = 외국인 직접투자에 대한 법인세, 취.등록세 등에 대한 .각종 조세지원제도를 현행대로 유지한다.

또 비거주자.외국법인의 채권 이자소득에 대한 원천징수세율을 내국인과 동일한 14%로 인하해 채권시장 활성화를 지원하고, 외국인기술자에 대한 소득세 5년간 감면제도를 2009년 말까지로 연장한다.


▲ 기본관세율 인하 = 310개 품목에 대한 기본관세율을 폐지하거나 인하함으로써 기업의 산업경쟁력 강화를 지원한다.

납사, 펄프, 동광 등 비경쟁 기초원자재의 기본관세율은 무세화하고, 경쟁 기초원자재에 대해서는 기본관세율을 3%에서 1~2%로 낮춘다. 

또 원유.LNG.LPG 등 주요 에너지와 석유화학제품 원료.중간재 등의 기본관세율은 5%에서 3%로 낮추고, 휘발유.경유 등 석유제품은 현행 실행세율(할당 5%)을 기본세율화했다.
 
아울러 농산품 중 실행세율(양허세율)이 기본세율보다 낮아 현행 기본세율이 무의미한 품목에 대해서는 양허세율을 기본세율화하고, 설탕에 대한 관세율(50%)을 적정수준(30%)으로 조정했다.

▲ 연구개발 투자 활성화 = 연구 및 인력개발을 목적으로 한 설비투자에 대한 세액공제 혜택이 2009년 말로 연장된다. 또 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 일몰 연장은 물론, 공제대상에 대기업이 중소기업.대학 등에게 지급한 외부위탁 비용도 포함시켜 대.중소기업 상생협력을 유도키로 했다.

또 올해 말까지로 한정돼 있던 대학교원 등의 연구활동비에 대한 비과세 제도의 시한을 아예 없애고, 대덕연구개발특구에 입주한 첨단기술기업 등의 소득.법인세를 3년간 100%, 2년간 50%를 감면해 주는 제도를 2009년 말 종료를 목표로 새로 도입했다. 
 
▲ 인력개발 지원 = 근로자의 취학전 자녀 교육비공제 대상에 체육도장, 수용장 등 체육시설을 추가하고, 교습과정에 대한 요건도  ‘종전 1일 3시간 이상 1주 5일 이상’에서 ‘주 1회 이상’으로 완화했다.

또 근로자 본인의 교육비 소득공제는 종전에 대학 또는 대학원의 1학기 이상 교육과정 수업료로 한정했으나, 내년부터는 대학에 시간제로 등록해 학점을 취득하는 경우에도 포함시키로 했다.

▲ 출산장려 및 보육지원 = 현행 소수공제자 추가공제제도를 다자녀 가구에 유리하도록 개선했다. 이에 따라 기본공제대상자인 자녀가 2명인 경우 50만원을 추가로 공제받게 되며, 3명 이상부터는 추가로 1인당 100만원씩을 공제받을 수 있다.

기존 제도상으로는 기본공제대상자가 1명인 경우 100만원을 추가로 공제해 주고, 2명인 경우에는 50만원을 공제해 주는 등 다자녀 가구에 불리했다.

제도 변경에 따라 기존에 소수공제자 추가공제를 적용받던 475만명 중 430만명의 세부담이 증가하는 반면, 자녀 2명 이상 근로자(220만명)와 사업자(140만명) 360~405만 명은 세부담이 감소할 것으로 추정된다.

▲ 유전개발 지원 = 유전개발에 대한 투자 활성화를 위해 유전개발투자회사가 배당가능이익의 90% 이상을 배당한 경우 그 배당금액을 소득에서 전액 공제해 주기로 했다.

또 유전개발펀드에 투자하는 개인투자자의 배당소득에 대해서도 세제지원을 신설했다. 개인투자자가 액면가 3억원 이하(투자회사별)를 투자하고 얻은 배당소득에 대해 2008년까지는 과세대상에서 제외하고 2009~2011년까지는 5%를 낮은 세율을 적용키로 했다. 투자액에 3억원을 초과하는 경우에도 2007~2011년까지는 ‘14% 분리과세’를 적용키로 했다.

▲ 창업단계 = 중소기업 창업 후 최초 소득발생 과세연도부터 4년간 50% 세액을 감면해 주는 제도가 올해 말로 종료될 예정이었으나 2009년 말까지로 연장된다.

▲ 운용단계 = 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합 등에 투자한 경우 투자금액의 15%를 소득공제해주는 제도는 공제율을 10%로 낮추되 일몰을 2009년 말까지로 연장키로 했다.

중소기업창업투자회사 또는 기관투자자가 한국벤처투자조합을 통해 벤처기업에 출자하는 경우에만 주식 양도차익에 대해 비과세 혜택을 받았으나, 앞으로는 그 자(子) 조합을 통한 출자 양도차익도 비과세를 허용키로 했다.

▲ 구조조정 단계 = 5년이상 사업을 영위하던 중소기업이 업종을 바꾸고 일정요건을 충족하는 경우 전환사업에서 최초로 소득이 발생한 해와 그 후 3년간 소득세와 법인세 50%를 감면해 주는 제도가 2009년 말까지 운영된다. 지원 전환사업은 제조.물류 등 21개 창업지원 대상업종이다.

또 내년부터 3년간 대기업이 소유한 공장설비 등 사업용 자산을 중소기업에 무상으로 기증하는 경우 잔존가치와 인도가격 차이만큼을 세법상 비용으로 인정(손금산입)해 법인세 부담을 덜어주기로 했다.