특정지역의 경제를 활성화하기 위해 해당 지역에 있는 법인에 대해 다른 지역에 비해 현저하게 낮은 세율을 적용하는 특혜를 제공할 필요가 있다는 주장을 제기하는 이들이 있다. 예를 들면 제주특별자치도는 지역경제 활성화를 위해 제주도 소재 법인에 대해 최저한세 수준의 법인세율을 적용해 줄 것을 요구하고 있다. 제주도는 또한 부가가치세에 대해서도 면세지역 확대 등 특례를 요청하고 있다.

특정지역에 대한 조세특례는 비록 그것이 WTO, EU 등 회원국의 조세특례에 대해 일반적인 제한을 가하는 국제기구도 필요성을 인정하는 것이긴 하지만, 경제적 관점에서 그 타당성을 입증하기는 참 어렵다. 지역경제가 다른 지역에 비해 많이 낙후돼 있어 기업 환경이 많이 나쁠 경우 그 문제를 세부담의 완화로 커버하기 어렵다는 것이 조세가 기업의 입지에 미치는 영향에 대한 연구의 일반적인 결론이다. 한편 유사한 경제환경을 지닌 지역간의 세율 격차는 기업의 입지에 많은 영향을 줄 수 있을 것이나, 이 경우에도 특정지역을 지원할 경제적 의미가 있는지 의문이다. 국가 경제의 효율성 저하라는 비용을 지불하면서 경제환경이 유사한 여러 지역 중 특정한 지역만을 지원할 필요가 있는지 확신을 갖기 어렵기 때문이다.

그 외에도 지역간 법인세 부담의 격차는 다양한 행정상의 문제를 야기한다. 여러 지역에 사업장을 가진 기업이 어느 지역에서 세금을 납부해야 하는지 결정하는 일이 결코 쉬운 문제가 아니다. 이와 관련해 국제조세의 경험을 보면 과세의 근거가 되는 고정사업장의 판정문제, 포괄적 납세부담을 지는 본사를 결정하기 위한 실질적 관리장소의 결정문제, 소득을 사업장별로 배분하는 이전가격과세문제, 이중과세 또는 비과세 문제 등이 발생할 가능성이 크며, 이러한 문제를 해결하려면 고도로 발달된 행정력과 막대한 비용이 소요되기 마련이다.

이러한 문제들에도 불구하고 정치적 또는 다른 비경제적 이유로 특정지역에 대해 낮은 세율을 적용하려 한다면 그 조세특례는 다른 지역에 비해 매우 낙후되었거나 또는 다른 이유로 지원이 필요하다고 인정되는 좁은 범위에 국한해야 한다. 지역이 좁으면 이동성이 큰 외국기업의 유치만으로도 지역경제를 활성화시킬 수 있어 그를 위해 지불해야 하는 국가적 비용을 최소화할 수 있으며, 좁은 지역에 유사한 성격의 업체들이 모이면 행정력을 집중해 조세회피를 방지하는 데 드는 비용이 비교적 적게 소요될 것이기 때문이다. 따라서 해당 지역에서 장점을 갖고 있는 분야를 선정해 조세지원과 공공투자 등을 그 분야에 집중할 필요가 있다. 공공투자 등을 통한 인프라 구축이 이뤄지지 않은 상태에서 조세지원만으로 소기의 성과를 거두기는 어렵다.

한편 조세지원 규모는 가능한 한 크게 설정하는 것이 바람직하다. 조세지원이 기업의 입지에 미치는 영향이 크지 않다는 점을 고려할 때 특별히 낙후됐거나 기업 환경이 좋지 않은 지역으로 기업을 이전하도록 유도하기 위해서는 광범위한 지역에 대한 낮은 수준의 지원보다 좁은 지역에 한정된 대폭적인 지원을 하는 것이 효과적이다.

그렇지만 유해조세제도로 인식되는 것을 피하기 위해서는 법인세를 면제하기보다 낮은 수준의 세율로 세금을 부과해 법인세 신고를 하도록 할 필요가 있다.

재정의 낭비를 유발하는 무조건적인 세율인하보다는 투자, 기업이전 등 조세에 의해 행동을 변화시킨 기업에 대해 낮은 세율을 적용하는 방식이 바람직하다. 고용효과, 투자규모 등을 고려해 차등 지원을 하는 것도 고려할 필요가 있다. 아울러 한시적인 지원을 함으로써 일정기간이 지난 후 지속적인 지원의 필요성을 재검토하도록 해야 할 것이다.

이에 덧붙여 유해조세경쟁 포럼, 조세피난처에 대한 대응세제 등 국제적 견제장치를 인식하고 가능한 한 국제적인 규제 및 견제의 대상이 되지 않도록 주의하는 것도 잊지 말아야 한다.

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