납세자들이 세금에 대해 고충이 있을 때 일선 세무서나 지방국세청에 있는 납세자보호위원회를 이용할 수 있다.

그 절차를 보면, 납세자들은 해당되는 일선 세무서나 지방국세청에 있는 납세자보호담당관에게 세금 고충을 청구하게 된다. 이를 접수받은 납세자보호담당관은 이 내용을 납세자보호위원회에 심의할 것인지 아니면 직권시정 대상으로 처리할 것지에 대해 분류하게 된다.

여기에서 위원회 심의 대상으로 분류되면 납세자보호위원회에 심의요청을 하게 되고, 납세자보호위원회는 이를 심의하게 된다. 납세자보호위원회는 외부위원에서 선임된 위원장과 위원들로 구성돼 있고, 위원들인 경우 세무서나 지방청의 내부인원보다 외부인원을 더 많이 두게 돼 있다.

위원회에서 결정된 결과는 세무서장 또는 지방청장에게 결과를 통보하게 된다.

반면, 납세자보호담당관이 납세자가 청구한 세금 고충에 대해 직권시정 대상이라고 판단할 경우 이를 세무서장 또는 지방청장에게 직권으로 통보하게 된다.

세무서장이나 지방청장은 납세자보호위원회를 거쳐 통보된 결과나 납세자보호담당관을 통해 직권으로 시정을 통보하면 이를 그대로 시행해야 한다.