국세청은 기업이 시장지배력 강화나 조직확대 등의 목적으로 최근 빈번하게 일어나는 합병과 관련해 “기업회계기준과 세법상 차이로 인해 세무조정이 필요하다”고 강조했다.

특히 국세청 관계자는 “합병차익 중 합병평가차익은 익금에 해당한다”면서 “일정요건을 충족한 경우에만 일시상각(압축기장) 충당금을 설정해 과세이연할 수 있다”고 밝혔다.

그는 “과세이연 이후 감가상각비와 상계(상각자산) 또는 승계자산의 처분 및 휴폐업 등의 사유 발생시 관련 충당금을 익금산입 조정해야 한다”면서 “법인세법 제44조(합병평가차익 상당액의 손금산입)에서 합병평가차익에 대한 과세문제를 규정하고 있다”고 유의사항을 전했다.

또 ‘영업권 계상을 적정하게 했는지 여부’에 대해서는 “영업권은 사업상 가치가 있어 대가를 지불한 것에 한해 감가상각 대상이기 때문에 합병차손을 영업권으로 계상한 금액에 대한 상각비는 손금부인해야 한다”고 설명했다.

국세청 관계자는 ‘피합병법인의 이월결손금’에 대해선 “원칙적으로 승계되지 않으며 일정한 요건 충족시 제한적으로 허용하고 있다”면서 “이를 회피하기 위한 역합병에 대한 규제를 강화하고 있다”고 덧붙였다.

한편, 합병시 이미 대손요건이 충족된 부실채권 인수여부에 대해서도 꼼꼼히 살펴볼 것을 국세청은 권고했다.