현행 동업기업 과세특례에서는 소득금액은 집합론에 따라 계산하도록 하면서 세액공제와 세액감면은 실체론에 따라 계산하도록 하는 과세논리의 불균형이 존재하고 있어 논란의 여지가 있다는 지적이 나왔다.

실제로 올해부터 시행되는 조세특례제한법에 따른 동업기업 과세특례는 미국의 파트너십 과세제도를 모델로 하고 있어 한국에 처음 도입되는 제도이지만, 그 내용에 있어 기본적인 규정만을 담고 있어 종전의 공동사업장 과세특례에서와 마찬가지로 많은 부분에 관해 어떻게 과세될 것인지에 대해 불명확한 측면이 있고 서로 다른 과세논리가 혼재되어 있어 논란이 예상되고 있다.

이준규·강병민 경희대 교수는 ‘동업기업의 세액공제 및 세액감면에 관한 연구’라는 논문을 한국세무학회 계간지(가을호)를 통해 이같이 주장했다.

논문은 세액공제 및 세액감면을 위한 소득금액과 산출세액을 별도로 계산해야 하는 복잡성과 법인세율을 적용해 세액공제와 세액감면을 계산함에 따른 조세의 중립성 및 과세형평의 훼손 등이 발생한다고 현행 문제점을 지적했다.

이를위해 소득금액은 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산하고 해당 소득금액을 손익배분비율에 따라 각 동업자에게 배분해야 한다고 주장했다.

다만, 각 동업자는 배분받은 소득금액을 기초로 각자 세율을 적용하고 세액공제 및 세액감면도 각자 계산하도록 해야 한다고 제안했다.

이 방안은 동업기업의 소득금액을 계산함에 있어서 해당 동업기업을 하나의 내국법인으로 보아 계산하도록 함으로써 집합론의 논리를 일부 훼손하는 측면이 있지만 그 이외의 부분에 대해서는 대체로 집합론의 논리에 따라 세액을 산정하게 되며 세액공제 및 세액감면 산정방식의 문제점들이 해결될 수 있다고 덧붙였다.

논문은 동업자군별로 최대 네 번의 소득금액 계산이 필요하던 것을 한번에 계산하도록 함으로써 소득금액의 계산을 단순하게 한다고 주장했다.

이준규 강병민 교수는 “현행과 같이 세액공제와 세액감면을 산정함에 있어서 소득금액과 산출세액을 다시 계산하는 번거로움이 없다.”면서 “세액공제 및 세액감면금액을 산정하기 위한 산출세액을 계산함에 있어서 법인세율을 적용함에 따른 조세의 중립성과 과세형평이 훼손되는 일도 없게 된다.”고 강조했다.

특히 세액공제 및 세액감면의 요건적용여부와 한도초과 및 최저한세를 동업기업의 단계에서 정하도록 함에 따라 조세회피의 가능성과 조세의 중립성이 훼손되는 문제점도 해당 항목들을 동업자의 단계에서 정하도록 함에 따라 발생하지 않게 된다고 제시했다.