연구 및 인력개발비 중 조세특례제한법상 세액공제 대상이 아닌 비용에 대해 공제를 받아 감면법인 사후관리시 세금을 추징받는 사례가 있어 이에대한 주의가 요구되고 있다.

국세청에 따르면 공제대상 자체기술개발비용은 과학기술분야의 ‘연구업무 전담부서’ 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하는 자의 인건비이다.

그러나 건물의 방호·유지·보수·청소 등 건물의 일상적 관리에 종사하는 자와 식사제공 및 차량의 운전에 종사하는 자의 인건비는 세액공제 대상에서 제외된다.

또 주주인 임원의 인건비도 제외된다. 이때 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 10%를 초과해 소유하게 되는 경우이며, 지배주주 및 해당법인의 총 발생주식을 10%초과해 소유한 경우에도 해당된다는 점을 유의해야 한다.

수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본팀·부품·원재료와 시약류 구입비는 세액공제대상이지만 사무용품비나 복리후생비는 제외해야 한다.

국세청 관계자는 18일 “소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외하고 각 사업연도에 연구 및 인력개발비가 발생한 내국법인은 세액공제 대상이다.”고 밝혔다.

이때 중소기업은 증가발생액이나 총발생액에 의해 계산된 금액 중 큰 금액이며, 일반법인은 중소기업 위탁 연구인력개발비에 대한 세액공제액과 기타 연구인력개발비 세액공제 합계액이다.

국세청은 이와관련 “연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인지 여부는 계정과목의 분류에 불구하고 조특법 시행령 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련해 발생한 비용은 공제대상”이라고 질의회신(200.8.5)한 바 있다.

국세청 관계자는 “연구개발의 개념은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이며 일반적인 관리 및 지원업무, 수탁받아 하는 연구활동은 제외된다.”는 점을 유의해야한다고 당부했다.

또 시장조사, 판촉활동(Survey, 일상적인 품질테스트, 반복적인 정보수집), 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, 특허권의 신청보호 등 법률 및 행정업무, 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등을 조사·탐사활동은 세액공제 대상에서 제외된다.

국세청고객만족센터 관계자는 ‘연구 인력개발 설비투자 세액공제’에 대해 “비록 시험연구소에서 사용하는 설비라고 하더라도 사무용 집기, 비품 등은 세액공제대상에 해당하지 않는 것”이라면서 “법인세법 시행규칙 별표6의 업종별 자산 중 기계장치 등을 시험연구용으로 취득하여 연구소 등에서 연구전담용으로 사용하는 자산은 세액공제 대상에 해당할 수 있는 것이다”고 밝힌 바 있다.

한편, 정부는 올 법인세신고시 중소기업의 당기분 공제방식 공제율을 종전 15%에서 25%로 상향조정했으며, 일반기업에 대해 적용하는 당기분 공제방식 적용요건을 매출액대비 연구개발지출비용이 직전연도 이상인 경우 뿐만 아니라 연구개발지출금액이 직전연도 이상인 경우에도 허용했다.