관할 세무서장은 동업기업과세특례 적용 동업기업의 신고내용을 동업자들에게 통보하도록 관련 세법을 개선해야 한다는 목소리가 재계에서 제기됐다.

조세특례제한법 100조에 따르면 현재 조합, 익명조합, 합명회사, 합자회사 등이 동업기업과세특례를 신청하는 경우 동업기업의 소득에 대해 법인세를 과세하지 않고 이를 손익배분 비율에 따라 각 동업자에게 배분해 소득세 또는 법인세를 과세하고 있다.

2009년 1월부터 동업기업과세특례 제도를 시행하고 있으며 동업기업은 각 과세연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 해당 과세연도의 소득의 계산 및 배분명세를 관할세무서장에게 신고해야 한다.

이때 ‘배분’은 동업기업의 소득금액 또는 결손금 등을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말한다.

재계 관계자는 문제점으로 "동업자가 해당 과세연도의 법인세나 소득세를 신고할 때 동업기업 신고내용을 파악하기가 어렵다"면서 "현행 세법상 동업기업이 동업자들에게 신고내용을 통지할 의무가 없다."고 지적했다.

당초 동업자들의 투자 당시에는 동업기업과세특례 제도가 존재하지 않아 투자계약서에도 반영되어 있지 않는 경우가 많다는 것이 재계의 중론이다.

재계 관계자는 이를위해 “동업기업과세특례 적용 동업기업이 동업자들에게 신고내용을 통보할 의무를 신설해야 할 필요가 있다”고 주장했다.

실제로, 국세청은 동업기업이 신고한 내용을 동업자들에게 통보하지 않고 있는 것으로 파악됐다.