관세청은 선적용 적재허가를 받아 수출된 물품으로 수출신고 수리일로부터 1년이내에 내항선으로 자격 변경돼 재수입되는 물품은 그 물품이 수출된 물품으로 확인된 경우 관세와 부가세를 면제해주기로 했다.
그러나 ▲해당물품 또는 원재료가 관세를 감면받은 경우 ▲관세법 또는 수출용 원자료에 대한 환급을 받은 경우 ▲보세가공으로 인해 관세가 부과되지 않은 경우에는 관세를 납부해야 한다.

또 교통세가 부과되는 경유를 외국항행 선박용으로 사용하거나 연료유의 원자료로 사용되는 경우에는 교통세가 면제 또는 공급·환급된다.

또 외국무역선이 세관장의 승인을 받아 내국무역선이 됐을 때 선박에 적재된 연료가 그 선박안에서 사용할 것으로 인정되는 경우 잔존 연료 중 세관장이 관세를 면제한 물품에 대해서는 교통세를 면제하고 이 사실을 국세청에 통보하도록 했다.
그러나 외국으로부터 수입통관된 후 외항선 자격으로 운행될 것으로 인정되는 선박에 대해서는 당해 선박의 수입신고시 선주로부터 과세분류승인신청서를 제출받아 관세 등을 보류할 수 있도록 했다.

또 외항선(기)으로 자격승인을 받은 후 외항출항 예정신고일까지 출항하지 않은 경우에는 과세 보류한 관세를 과세하도록 조치했다.