舊 지방세법 제273조제3항은 취득세, 종합토지세 등 면제의 경우만 의료보험관리업무에 직접 사용되는 부동산을 대상으로 제한하고 있을 뿐 사업소세의 경우에는 이런 제한이 없음에도 불구하고 공단 사업장안의 병원에게 이를 과세한 처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

감사원은 최근 홍모씨가 ○○구청장을 상대로 낸 사업소세 심사청구에서 이같이 밝혔다.

감사원에 따르면 홍씨는 지난 2000.1월 舊 지방세법 제273조제3항 후단의 관리공단안에 의료시설을 갖춘 면제대상 사업장을 운영했으나 처분청이 지난 1월 ○○시 ○○구 소재에서 병원용 건축물을 신축해 새로운 곳에서 의료시설을 운영했다며 지난 2000년도분 재산할사업소세와 종업원할사업소세를 각각 부과하자 심판을 청구했다.

감사원은 결정문에서 '舊 지방세법 제273조제3항에는 의료보험법에 의해 설립된 의료보험조합 및 ○○보험법에 의해 설립된 ○○관리공단이 의료보험관리업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세와 종합토지세를 각각 면제한다'며 '당해 법인에 대하여는 사업소세를 면제한다고 규정돼 있다'고 설명했다.

감사원은 또 '○○관리공단이 의료보험관리업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 또는 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서만 취득세와 등록세, 재산세와 종합토지세를 면제하는 것으로 면제대상을 제한해 규정하고 있다'며 '사업소세의 경우는 당해 법인, 즉 ○○관리공단이 의료보험관리업무에 직접 사용하는지 여부를 불문하고 당해 법인이 사용하는 것이면 모두 면제하는 것으로 규정한 것이 타당하다'고 덧붙였다.

감사원은 이에 따라 '○○관리공단을 ○○공단으로 보도록 규정하고 있으므로 결국 ○○공단의 모든 사업소에 대해 사업소세를 면제하는 것으로 해석해야 하고 의료보험관리업무에 직접 사용하는 사업소에 대해서만 사업소세를 면제해야 한다는 처분청의 주장은 부당하다'고 결정했다.