전국경제인연합회, 중소기업중앙회, 한국중견기업연합회가 내국법인의 법인세법 및 조세특례제한법 상 받는 세액공제·감면에 대해 지방세특례제한법상 공제·감면을 허용해달라고 정부에 건의했다.

19일 전경련에 따르면 안전행정부에 건의한 건의서는 지방세특례제한법상 세액공제·감면대상을 내국법인으로 확대해 달라는 게 골자다.

앞서 작년 말 지방소득세 독립세 전환과 관련된 지방세법이 개정·공포됨에 따라 법인분 지방소득세는 2014년 이후 발생 소득에 대해 내년부터 징수하게 된다.

그러나 기존 조특법상 공제·감면 규정을 지특법으로 이관하면서 법인에 대한 과세특례 근거가 삭제됐다. 지금까지 지방소득세는 공제·감면된 법인세분 중 10%만 냈지만, 내년부터 공제·감면되기 전 법인세분의 10%를 과세함에 따라 추가 세부담이 발생한다는 것이다.

전경련은 이로 인해 일반기업 5천392개 7천100억원, 중소기업 15만7천678개 2천400억원 등 기업의 세부담이 총 9천500억원 증가할 것으로 예상했다. 2012년 기준 16만여개 기업이 국세 공제·감면세액은 9조5천억원이다.

특히 연 9천500억원 증가로 1년만에 법인분 지방소득세가 21%급증, 세부담 증가에 따라 기업의 투자여력이 약화돼 고용 1만3천명, 생산 2조원 등의 사회적 손실 발생이 우려된다고 강조했다.

또한 중소기업의 70%가 법인세 납부액의 24%이상을 공제·감면받고 있어 중소기업의 부담이 증가하고, 중소기업의 세부담 증가는 정부의 중소기업 세제 지원 강화 기조와 배치돼 정부정책의 일관성을 떨어뜨릴 수 있다고 지적했다.

개인·중소법인간 형평성 문제도 제기했다. 개인기업과 다를바 없는 법인 중소기업에 대한 지방소득세 부담증가로 인한 조세형평성 문제가 발생, 정부의 개인사업자 법인전환 우대정책과도 배치된다고 설명했다.

이 외에도 전경련은 기업 연구개발 투자는 국가 전체 연구개발비의 78%를 차지하는 만큼 내국법인의 조세부담 증가로 R&D투자 위축이 우려되고, 외국납부세액공제 배제로 국제적 이중과세 및 기업간 역차별 문제 발생을 지적했다.

아울러 3개월만에 관련법이 개정되면서 의견수렴 기간이 부족했고, 법인분 세액공제·감면이 전면 배제돼 법인의 지방소득세 부담이 증가했으나 법인 부담 논의도 부족했다고 밝혔다.