연구·인력개발(R&D) 비용 세액공제의 증가분 방식 공제율을 하향 조정하는 방안을 검토할 필요가 있다는 주장이 나왔다. 또 연구개발비 중 인건비의 공제대상도 연구 전담요원으로 한정해야 한다는 제안도 제시됐다.

한국조세재정연구원은 1일 명동 은행회관에서 ‘2014년 일몰예정 비과세·감면제도 정비방향’에 대한 공청회를 개최했다.

이날 ‘2014년 일몰예정 비과세·감면제도 정비방향’에 대해 발표를 맡은 전병목 한국조세재정연구원 연구위원은 “올해 일몰예정 53개 제도 중 중요한 제도를 중심으로 정비방안을 구성할 필요가 있다”며 주요 제도별 개선방안을 제시했다.

전 연구위원은 우선 감면요구의 확대는 감면제도와 감면금액의 급속한 증가를 초래했다며 국세감면액은 2000년 13조3천억원에서 지난해(잠정) 33조6천억원 수준으로 크게 증가했다고 밝혔다. 감면규모 증가는 조세특례 수혜집단의 자연스러운 이익단체화로 특례제도가 기득권화, 항구화됐기 때문이라고도 분석했다.

이어 특정분야를 지원하는 비과세감면은 세부담의 형평성 측면에서 충분한 검토가 필요하고 지원수준도 검토가 필요하다며 또한 조세지원제도의 증가는 납세자들의 납세협력비용을 증가시켜 조세제도 운영의 국가적 비용을 증대시킨다고 지적했다.

이에 따라 전 연구위원은 올해 일몰예정 53개 제도 중 상위 10개 조세특례가 조세감면액 기준 98.7%를 차지한다며 중요 제도를 중심으로 정비방안을 구성할 필요가 있다고 주장했다.

전 연구위원이 제시한 주요 제도별 개선방안 중 연구·인력개발(R&D) 비용 세액공제의 경우, 우선 실무적으로 대기업이 당기분 방식보다 증가분 방식을 선택하는 비중이 높은 점을 감안해 증가분 방식 공제율을 하향 조정할 필요가 있다고 밝혔다.

다만 증가분 방식에 중견기업 구간을 신설해 중견기업에 대한 기존 수준의 혜택을 유지해야 한다고 덧붙였다.

또한 작년 세법개정 시 인력개발비 중 위탁훈련비의 공제대상을 연구전담 요원으로 한정한 점을 감안해 연구개발비 중 인건비의 공제대상도 연구 전담요원으로 변경해야 한다고 제안했다.

전 연구위원은 이러한 방안의 경우 대기업의 세부담이 증가해 연구개발이 축소될 우려가 있는 점은 고려해야 한다고 설명했다.

이와 함께 신용카드 매출 세액공제는 최근 소비위축 등을 감안해 우대공제율 일몰을 연장하되 공제율 또는 공제한도를 축소해야 한다며 구체적으로 공제율을 차등화해 단계적으로 축소하거나 공제한도 축소 방안을 제시했다.

중고차 부가가치세 의제매입세액 공제제도는 중고차 업계의 매출 과소신고 등 비정상적 관행을 반영해 공제율을 축소하되 사업자 부담을 고려해 단계적으로 축소하고, 금융상품 과세특례는 세제지원의 혜택이 서민·취약계층에 집중되도록 정비할 필요가 있다고 밝혔다.