자동차세가 재산세 성격임에도 불구, 재산가치 감소(감가상각)와 상관없이 새차나 중고차가 똑같은 세금이 징수되고 있어 조세형평에 어긋난다는 불만의 목소리가 높다.
현재 자동차세 제도는 사용일수와 상관없이 6개월에 한번씩 세금을 부과, 중고차 매입자가 차를 사용한 기간의 세금까지 물게 돼 있어 매입자에게 불합리하게 규정돼 있다.
또 새차를 구입하거나 폐차시에는 소유기간에 따라 자동차세를 징수해야 하는데도 중고차는 이 규정이 적용되지 않고, 자동차 등록원부상의 소유자에게 징수하도록 돼 있어 자동차세 부과기준일 현재 최종 소지자가 자동차세를 전액 부담하고 있다.
이 때문에 부과기준일 하루전에 중고차를 구입한 사람은 차를 하루만 이용했더라도 6개월분 자동차세를 내야 하는 모순이 따르고 있다.
이와함께 차량매입때 내는 취득^등록세 또한 기간이 오래된 중고차를 구입했더라도 승용차와 화물차의 경우 과표기준이 일률적으로 6년이 적용되고 있어 6년이 넘은 낡은 차량을 구입한 사람들에게 불이익을 주고 있는 실정이다.