아파트형 공장 일부를 연구용역계약회사와 공동으로 사용했는데도 이를 무상임대로 보고 면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 간주, 과세 처분한 것은 부당하다는 결과가 나왔다.

이같은 사실은 서울시 금천구 가산동 (주)○○시스템즈 민某 대표이사가 행정자치부를 상대로 낸 취득세 등 부과취소 심사청구에서 밝혀졌다.

행자부에 따르면 청구인은 무정전전원장치(UPS) 등 전산부대설비를 제작·설치·운영하는 법인으로 지난 2000.2월 서울시 금천구 가산동 소재 아파트형 공장을 취득했다. 청구인은 다음해 1월 자회사 사무실 일부를 칸막이로 막고 연구개발용역계약을 체결한 회사 직원 일부와 함께 사용했다. 이에 처분청은이 현지확인을 한 결과 공장 중앙을 조립식 패널로 막아 2개의 공간으로 구분하고 각각 별도의 출입문을 설치한 사실을 들어 면제된 취득세 등을 과세 고지했다.

이에 청구인은 효율적인 개발사업 추진과 개발내용의 비밀 유지 등을 위해 연구용역개발 기술 직원을 파견받아 자사 임직원과 공동으로 개발사업을 추진하다 곧 원상복구했는데도 처분청은 무상 임대한 것이라며 면제한 세액을 추징한 것은 잘못이라고 주장하고 있다.

행자부는 결정문을 통해 `청구인은 이 사건 공장을 취득하여 직접 사용하다가 쟁점 건축물을 전산장비 원격감지시스템의 국산화를 위해 연구개발용역계약을 체결한 회사 기술직원과 잠시 공동으로 사용하였다하여 이를 청구인이 이 사건 공장을 취득한 후 5년이내에 임대용으로 사용한 것으로 본 것은 잘못'이라고 밝혔다.