기초자치단체별로 운영되고 있는 세무조사 조직이 광역자치단체 단위의 세무조사 전담부서로 확대 설치·운영된다.

또한 세무조사의 투명성 확보를 위해 지방세 세무조사대상 선정기준이 법제화될 전망이다.

행자부는 국가청렴위원회의 권고사항을 바탕으로 '지방세 세무조사제도 개선방안'을 마련, 지자체에 하달했다.

이번 개선방안에 따르면 광역단치단체 단위에선 장기적으로 세무조사 전담부서를 설치·운영토록 하되, 단기적으로는 기초자치단체의 지원을 받아 합동조사팀을 구성, 운영하도록 했다.

또한 지방세 세무조사공무원의 전문성 확보를 위해 현재 시범운영 중인 조사조직 POOL제의 성과를 평가한 후 제도화를 추진하도록 권고했다.

이와 함께 지방세 세무조사시 조사대상 선정기준을 법제화하되, 각 지자체의 실정에 따라 차등화시켜 시·군·구가 협의하도록 했다.

선정기준은 ▶부동산 취득가액의 고액 여부와 취득빈도 ▶종업원이나 자본금의 과다 여부 ▶비과세·감면 대상금액 등이 반영되며, 세무조사방법은 서면조사를 원칙으로 하고 탈세혐의가 있거나 일반서면조사가 실효를 거두기 어려운 경우에만 직접조사를 벌이도록 했다.

아울러 행자부는 민간위원들이 참여하는 '세무조사 대상자 선정위원회'을 설치해 운영토록 권고했다.