연금계좌가 해외 간접투자로 얻은 배당소득에 대한 '이중과세' 논란에 휩싸인 가운데, 정부도 제도 정비 등 대책을 검토 중이다.

기재부는 4일 보도설명자료를 통해 “외국납부세액 공제 적용 제도를 합리적으로 지속 정비할 예정”이라고 밝혔다.

앞서 모 언론은 연금계좌에서 연금으로 수령하는 분배금부터 피해를 보는 투자자가 발생하고, 뒤늦게 문제를 인지한 기재부는 금융투자협회와 퇴직연금사업자 등과 함께 대책 마련에 나선 것으로 파악됐다고 보도했다.

정부는 올해 1월부터 간접투자회사 등에 대한 외국납부세액공제 방식을 개편해 본격 시행했다. 바뀐 방식은 펀드가 투자자에게 배당 소득을 지급할 때 국내 세율을 적용한 세액에서 외국납부세액을 차감한 금액만큼만 원천징수하는 방식이다.

기존에는 간접투자회사 등이 해외소득에 대해 현지에서 세금을 부담한 경우, 국세청이 간접투자회사 등에 해외납부세액을 먼저 환급하고 간접투자회사가 투자자에게 배분할 때 국내 세율(14%)로 원천징수하는 ‘선(先) 환급, 후(後) 원천징수’ 방식이었다.

그러나 퇴직연금·개인연금 투자자들이 오히려 이중과세 불이익을 받을 수 있다는 우려가 제기됐다. 국내 투자자들이 연금계좌에서미국 대표지수 ETF를 연금 계좌에 적립식으로 투자하는 경우가 많은데, 분배금을 받을 때 미국 세율로 원천징수되고 향후 국내에 연금소득세도 내야 하기 때문이다.  또한 과세이연 효과도 사라진다는 문제점도 제기됐다.

기재부는 설명자료를 통해 종전 방식은 국외원천소득의 국내 과세 여부와 무관하게 국세청이 외국납부세액을 먼저 환급함에 따라 국고로 외국납부세액을 지원하는 사례가 발생할 수 있다고 제도 개편 배경을 설명했다.

일례로 면세 국내법인의 경우 국외원천소득에 대한 국내 과세가 없으나, 외국납부세액을 지원한다. ISA계좌 내 펀드를 통해 해외투자하는 경우도 국세청은 펀드에게 외국납부세액(14% 한도)을 먼저 환급하고, ISA 투자자는 ISA 만기시 배당소득에 대해 9%만 원천징수돼 결국 5%를 국세청이 보전하는 결과가 나온다.

기재부는 “ISA(비과세 및 9% 분리과세) 및 연금계좌(3~5% 저율분리과세) 과세특례 계좌에 간접투자상품을 편입하는 경우 외국납부세액공제에 대한 구체적인 적용 기준은 지난해 9월 금융투자협회 등 금융업계의 건의를 바탕으로 검토를 진행하고 있었다”고 밝혔다.

다만, ISA(비과세 및 9% 분리과세)의 경우에는 올해 세법 시행령 개정을 통해 ISA 계좌별 소득합산 시 외국납부세액공제 적용 기준이 별도로 마련된 상태다. 정부는 “연금계좌에 대해서는 집행가능성 등을 고려해 제도 개편을 논의 중에 있다”고 덧붙였다.