○ 과세표준계산방식의 임의선택
개인의 경우 복식부기사업자는 정규영수증이 아닌 기타 증빙을 수취한 경우 무기장추계와 증빙불비가산세적용의 경우를 상호분석하여 유리한 방법으로 신고하려 할 것이다. 특히 기장자가 기타 증빙을 많이 수취하여 무기장추계의 경우보다 불리하다면 현존하고 있는 기타 증빙을 고의로 파기하거나 은닉하여 추계과세로 전환할 개연성이 높다.

이는 국세기본법상 조세부과원칙인 근거과세 및 실질과세원칙과 배치되고 신고납부과세제도 정착을 위한 기장확대정책과 배치되며 또한 소득과세의 기본인 조세공평성을 크게 훼손시킨다. 무기장추계의 경우라도 과세관청의 실지조사 등에 의해 거래사실이 나타나고 위의 정규영수증을 수취하지 못한 사실이 밝혀지는 경우에는 가산세가 부과되므로 차후 과세관청이 추계자에 대한 현지확인조사가 예상될 수 있지만 일반적으로 추계자는 증빙이 없다고 간주되는 현실에서 과세관청의 입장으로 보면 입증책임의 문제, 현존하는 과중한 업무로 인한 시간적 제약 또는 상대적으로 중요도가 높지않은 확인조사를 할 겨를이 없으므로 추계자에 대해서 정밀한 현지확인조사를 기대하기는 어렵다고 보아지므로 사업자 측면에서 고려하여 본다면 추계과세로 전환할 이유가 생기기 때문이다.

한편, 법인사업자는 무기장추계시 불이익이 과도하여 거주자와 같이 크게 영향을 받지 않을 것이며 정규영수증을 수취하지 못한 경우 증빙불비가산세 10%를 부담하더라도 추계까지 이르지 않을 것으로 예상된다.

○ 변태적 소액분할거래예상
복식기장사업자는 기타 증빙을 수취함으로써 예상되는 10%의 가산세 부담을 피하기 위해 탈법적으로 실지거래와 달리 10만원미만의 소액거래 등(예외적거래)으로 분할한 기타 증빙으로 수취할 경우가 예상되어 또 다른 문제를 야기시킬 수 있다.

여타 세제지원과 형평성 문제

○ 재활용폐자원 자재구입
재활용폐자원 및 중고품수집사업자의 경우 매출자료는 납품으로 노출되나 매입자료는 비사업자 또는 일반과세자 외의 사업자로부터 구입함으로 기타증빙을 수취하거나 매입관련 증빙이 나타나지 않는 현실을 감안하여 부가가치세간주매입세액공제제도를 도입하고 있으며 개정규칙에서 지출증빙서류 특례적용대상으로 규정하였지만 금융기관을 통하여 송금사실을 확인하고 소득세 과세표준확정신고시 송금명세서를 첨부하도록 하여 자유스러운 사경제를 엄격하게 제약함으로써 실효성에 의문점이 나타나지 않는다고 할 수 없다. 이는 자원의 재활용이라는 정책적 목적과도 배치되는 법규정이다.

○ 금전등록기영수증 발행업체와 거래
'77.7.1부터 부가가치세 시행초기부터 슈퍼마켓 및 접객업소 등의 사업자는 금전등록기영수증을 발행하도록 세법상·세무상 지도돼 왔고 손익귀속시기도 현금주의로도 인정되는 등 금전등록기 설치업자에 대한 영수증발행은 제도권내의 확실한 증빙으로 인정돼 왔음에도 새로운 법시행으로 본 영수증수취사업자가 법정증빙으로 인정되지 못하여 가산세를 부담하는 억울한 상황이 대두될 수 있다.

○ 수입금액증가 세액공제제도
매출이 신장되는 간이 및 과세특례자인 사업자가 우월한 거래지위에서 재화 및 용역을 공급하는 경우 직전기보다 수입금액이 증가하여 수입금액증가세액공제를 적용받는 경우 공급자는 정규영수증을 발행하지 않아도 미교부 가산세 1% 외 불이익이 없고 오히려 세액공제 등 우대를 받는 반면 공급받는 자는 열등한 거래지위에서 부득불 기타 영수증을 수취하여 거래금액의 10%의 과중한 가산세를 부담하는 불공평이 발생된다. 이 규정 또한 특정유통구조 또는 독과점 사업체에서 발생될 수 있는 상황이다.