1.16
독립기업원칙을 적용하는 모든 방법은 독립기업들이 가능한 모든 대안들을 검토하고, 그 대안들을 비교할 때에 대안들의 가치에 중대한 영향을 미칠 수 있는 차이점을 고려한다는 논리에 입각하고 있다. 예를 들면 어떤 물건을 특정가격으로 구매하고자 할 때 독립기업들은 통상 같은 물건을 다른 기업으로부터 보다 싼 값에 구입할 수 있는지 고려할 것이다. 그러므로 제2장에서 논의되는 것처럼 비교가능 제3자가격법은 만약 특수관계기업들이 시장에서 그들이 합의한 거래에 대한 대안을 찾는다면 합의했을 것이라고 생각되는 가격을 추정하기 위해 합의한 거래와 유사한 비특수관련거래를 비교한다.

그러나 이 방법은 독립기업간거래의 주요한 특징들이 비교가능하지 않다면 그다지 신뢰할 만하다고 할 수 없다. 마찬가지로 재판매가격법과 원가가산법도 특수관계거래에서 벌어들인 매출총이익률과 독립된 유사한 거래에서 벌어들인 매출총이익률을 비교한다. 이러한 비교로 어느 한 당사자가 독립기업으로서 동일한 기능을 수행했을 경우 획득할 수 있었던 매출총이익률을 추정할 수 있으며 따라서 양 당사자가 독립기업으로 활동했다면 지불하거나 지불받기를 원하는 가격을 추정할 수 있다. 3장에서 논의되는 다른 방법들은 특수관계에 있는 기업이 독립기업과 거래했을 경우 획득할 수 있었던 이익을 추정하는, 즉 특수관계거래를 통해 사용한 자원에 대한 정당한 보상으로서 요구했을 금액을 추정하기 위한 수단으로써 독립기업과 특수관계기업들간의 이익률 혹은 마진을 비교하는데 기반을 둔다. 어떤 경우에나 독립기업가격에 심각히 영향을 미칠 수 있는 특수관계 상황과 독립기업 상황의 차이점에 대해서는 조정이 이루어져야 한다. 그러므로 어떤 경우에도 조정되지 않은 산업평균 이익률은 그 자체로서 독립기업여건이 될 수 없다.

1.17
위에서 언급된 것처럼 비교를 함에 있어서 비교대상이 되는 거래나 기업들간의 중대한 차이점들이 고려되어져야 한다. 비교가능성 정도를 추정하고 독립기업거래 조건을 확보하기 위한 조정을 함에 있어서 독립기업거래 조건(혹은 그 범위)에 영향을 미칠 수 있는 거래나 기업의 특성을 비교하는 것이 필요하다. 주요한 특성으로는 이전되는 재화나 용역의 특질, 양 당사자에 의해 수행되는 기능(사용된 자산과 위험도를 함께 고려), 계약조건, 양 당사자가 처한 경제적 환경, 양 당사자의 사업전략 등을 들 수 있다. 이러한 요인들은 아래에서 좀 더 자세히 논의된다.

1.18
위의 요인들이 비교가능성을 확정하는데 미치는 정도는 특수관계거래의 성격과 채택된 이전가격 추정방법에 달려있다. 특정 이전가격 추정방법의 적용과 이러한 요인들과의 관련성에 대하여는 2장과 3장 참조.

b)비교가능성 결정 요소
1.재화 또는 용역의 특징
1.19
재화나 용역 특성의 차이는 자유경쟁 시장에서 가치의 차이를 가져온다. 따라서 그 특징들을 비교하는 것은 특수관계거래와 독립기업간 거래간의 비교가능성을 결정하는데 유용하다. 일반적으로 말하면, 재화나 용역의 특징의 유사성은 특수관계거래와 독립기업간 거래의 가격비교에서는 가장 중요한 요소라고 할 수 있으며 이익비교에 있어서는 그 중요성이 다소 떨어진다. 중요하다고 생각되는 특징들로는 다음과 같은 것을 들 수 있다. 유형자산의 이전에 있어서는 재화의 물리적 특성, 품질과 신뢰도, 그리고 공급의 확보가능성 및 공급량을 들 수 있다. 용역의 제공에 있어서는 용역의 성격과 범위를, 무형자산에 있어서는 사용허여 또는 판매와 같은 거래의 형태, 특허권·노하우·상표권과 같은 자산의 형태, 보호의 기간과 정도, 자산사용에 따른 기대편익 등을 들 수 있다.