전자장부제도가 도입될 경우 세무대리인 측면에서는 회계장부 등 각종 서류를 직원들이 작성하기 때문에 시스템관리 및 직원관리상의 위험부담을 검토할 필요가 있다는 주장이 제기됐다.

또 전자장부보존 사업자에 대한 세무조사는 주로 데이터의 입·출력 영역에 집중되기 때문에 입·출력 영역에서 납세자가 어떤 내부통제를 구축하고 있는가를 확인할 수 있도록 해야 한다는 주장도 나왔다.

최근 서희열(徐熙烈) 강남대 교수는 `전자장부제도의 도입과 세무조사'라는 연구논문을 통해 전자기록보존제도 도입으로 앞으로 모든 사업자는 회계관리 자료를 작성·보관·제출해야 하므로 전자장부를 보존하고 있는 기업에 대한 세무조사는 기존의 장부보존과는 다르게 변화해야 한다고 주장했다.

서희열 교수는 “대부분의 세무대리인은 회계장부 등을 직원들에게 맡기고 있기 때문에 시스템관리 및 직원관리에 대한 리스크를 검토해야 한다”고 지적했다.

이와 함께 직원들의 부주의로 에러가 발생할 수 있는 만큼 시스템운용 매뉴얼 정비나 데이터 정정이력의 관리 등 전자기록보존법의 요건을 우선적으로 충족시키는 것이 바람직하다고 제시했다.

그는 또 세무조사시 전자장부 검색수단의 확보와 책임, 장부의 보존기간 등의 문제가 야기될 수 있다고 지적했다.

세무대리인이 전자장부검색의 환경을 갖추지 않는 고객에 대한 전자장부의 작성을 맡을 의무가 발생할 경우 일정기간 데이터를 보존하는 매체관리와 검색할 수 있는 소프트웨어의 확보 등이 필요하다고 주장했다.

그는 이와 관련 “업무용 소프트웨어는 법률의 개정이나 소프트메이커간의 경쟁으로 매년 버전업을 하고 있어 10년후의 파일이 화일형식처럼 상호호환성을 유지할 수 있느냐도 중요한 변수로 작용할 것”이라고 지적했다.