세관장이 납세액의 부족을 이유로 세액을 결정해 부족분을 징수할 경우는 사전에 납세자에게 통지하도록 하고 통지를 받은 납세자는 세액결정에 대해 이의가 있는 경우는 과세의 적법성 여부를 심사청구할 수 있도록 과세전적부심사제도를 도입했다.

산업기술의 연구개발에 사용하기 위해 수입하는 물품은 국내제작이 곤란한 경우와 관계없이 감면할 수 있도록 했다.

우리나라의 거주자에게 기증되는 물품(일정액이하)에 대해서만 관세를 면제할 수 있었던 것을 기부여부와 관계없이 우리나라의 거주자가 수취하는 물품에 대해서는 감면할 수 있도록 했다.

관세부과 등에 대한 불복절차도 심사청구와 심판청구 중 하나만 거치면 행정소송을 제기할 수 있도록 개정해 신속한 납세자권리구제를 도모했다.

세관장은 보세지역에서 장치기간이 경과한 물품을 효율적으로 매각하기 위해 필요한 경우 대통령이 정하는 외부기관에게 매각업무를 대행할 수 있도록 했다.

원료에 대한 관세율보다 이를 이용한 완제품의 세율이 높은 불균형을 보완하기 위해 가공식품의 원료농산물 반도체부품 컴퓨터 설계도 등의 세율과 원유로 제조되는 석유제품의 세율을 각각 인하했다.

버섯 들깨 등 일부 농산물관세에 종량·종가선택제를 도입하는 등 관세율체계를 합리적으로 조정했다.