국세청은 사실조사나 확인이 미진하거나 재조사가 필요하다고 판단되는 사항, 부과기관 처분·처리·요구내용이 객관적으로 명백히 부당하게 처리된 사항은 과감히 시정조치를 취해 나가기로 했다.   

　국세청이 최근 일선에 시달한 `납세서비스 사무처리규정'에 따르면 고충업무처리시 관련 지침이나 기준을 획일적으로 적용해 납세자 권익이 침해된 경우를 규정하고 있다. 또 과세액과는 직접 관련이 없더라도 세정집행 중 발생되는 시정과 도움이 필요한 모든 고충과 기타 필요한 처분을 받지 못해 납세자 권익이 침해된 경우도 고충처리대상에 포함시켰다.

　세무관서 처분에 대해 고충민원을 청구하고자 하는 납세자는 국세부과 제척기간 경과전까지 청구할 수 있으며 고충민원을 접수한 관서는 14일 이내에 처리하되 사실확인이 필요한 사안은 1회 연장하되 30일을 초과할 수 없도록 했다.

　또 해당 관서장은 고충민원처리과정에서 당초 처분보다 불리한 처분을 하지 못하도록 명시해 납세자 권익보호에 역점을 두었다.

　고충민원의 공정한 처리를 위해 서장 직속의 납세자보호담당관을 신설, 납세자보호담당관이 과세적부심사 이의신청 진정 호소 등 각종 고충민원처리를 전담토록 했다.

　납세자보호담당관은 또 납세자권리헌장 준수 및 이행여부, 조사중 부당한 과세처분이 예상되는 경우 과세처분중지명령, 부당한 과세처분에 대한 시정요구권, 불명확한 처분에 대한 소명요구권 등을 행사할 수 있도록 했다.