각종 세무조사에 따른 인정상여자료는 대부분이 고액으로 법인 휴·폐업에 따른 파생자료일 뿐만  아니라 납세자들이 부인하는 경우가 많아 과세실익이 없는 것으로 나타났다.

또한 소득세 과세자료를 처리하기 위해 납세자에게 소명요구한 후 소명자료에 대해 즉시 처리하지 않고 보관중 분실하거나 인사이동 등으로 인계가 제대로 되지 않아 재소명을 요구하는 경우도 있어 납세자들로부터 원성을 사고 있다.

이와 관련 일선세무서 직원들은 자료발생일로부터 자료처리일까지 관리사항을 자료전 이면에 기재해 보유기간별 책임제를 실시함으로써 책임있게 처리하는 것이 바람직할 것이라고 주장했다.

또한 소득세 자료처리를 위해서는 자료발생자의 신고내용 고지내용 체납여부 등을 조회해야 하는데 조회절차가 복잡하고 시간낭비가 많기 때문에 전산시스템을 개발, 효율적으로 관리해야 한다고 덧붙였다.

이와 함께 자료처리후 고지시에는 납세자의 문의가 많으나 그때마다 결정결의서를 찾아야 하는 불편이 따르고 담당직원이 없을 경우에는 설명할 수 없기 때문에 전산조회만으로 손쉽게 파악할 수 있도록 해야 한다는 견해도 있다.