부가가치세 신고시 매 분기의 매입계산서를 합계해 매입처별계산서합계표를 제출하고 있음에도 불구하고 국세청 소명자료에 의해 제출되지 않았다며 가산세를 포함한 법인세 부과처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원 최근 A某법인이 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 A법인은 지난 '85년부터 부가세가 면세되는 농축산물을 원재료로 매입해 사료와 유지를 생산하는 제조업체로서 '97·'98년 거래기간에 원재료를 매입하고, 이에 대한 의제매입세액공제신청을 통해 의제매입세액을 공제받았다.

그러나 처분청이 국세청의 전산자료인 '97∼'99년 거래기간 계산서합계표제출일람표상 A법인이 제출한 매입처별계산서합계표상의 금액과 거래상대방이 제출한 매출처별계산서합계표상의 금액이 상호 불부합한 사실을 근거로 A법인이 매입금액에 상당하는 매입처별계산서합계표를 제출하지 않았다며 매입금액의 1%에 해당하는 가산세를 포함해 '97·'98년도 법인세를 결정고지하자 심판을 청구했다.
심판원은 결정문을 통해 `법인세법 제66조 및 시행령 제130조의 규정에 근거해 법인이 재화 또는 용역을 공급받는 경우 거래상대방으로부터 교부받은 계산서의 매입처별계산서합계표를 매년 1월31일까지 납세지 관할세무서에 제출토록 의무화돼 있고, 부가세법 제17조제3항 및 시행령 제62조제3항에서는 의제매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제66조의 규정에 의해 교부받는 영수증을 관할세무서장에게 제출해야 한다'며 `청구법인은 97∼98년 거래기간중 매 분기별로 부가세신고시마다 부가세법의 규정에 따라 매입금액과 관련해 관할세무서에 의제매입세액공제신청서를 작성·제출해 관련 매입세액을 공제받은 사실이 확인되고, 의제매입세액공제신청서 상에 기재된 거래상대방의 사업자등록번호, 거래금액 등 주요 기재사항은 매입처별계산서합계표에 포함돼야 할 기재사항과 대부분이 일치된다'고 설명했다.

심판원은 또 `법인이 부가세 과세거래와 관련해 부가세신고시 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우에는 별도의 매입처별계산서합계표를 작성·제출하지 않도록 하고 있는 법인세법 제66조제3항의 취지 등을 감안, 과세관청이 과세 표준 양성화를 위해 매년 1월에 매입처별계산서합계표를 제출토록 한 소기의 목적은 달성된 것으로 볼 수 있다'며 `청구법인은 처분청에 대해 납세자로서의 최소한의 의무를 이행한 것으로 볼 있다'고 덧붙였다.

심판원은 이에 따라 청구법인에게 매입처별계산서합계표 미제출에 대한 가산세를 부과한 처분은 행위에 비해 과도하다'고 결정했다.