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첫째, 보유과세인 재산세는 주택과 주택아닌 건물에 적용하는 세율이 달라지게 된다. 주택은 과세표준의 크기에 따라 최저 1천분의 3에서 최고 1천분의 70까지 누진세율이 적용되며 기타의 건물은 1천분의 3의 비례세율이 적용되므로 주택으로 합산돼 최저세율의 적용을 받는 과세표준이 1천200만원을 초과하면 주택이 불리한 현상이 나타난다. 종합부동산세도 재산세의 일종이므로 재산세와 비슷한 현상이 나타난다. 즉 오피스텔을 주택으로 보면 오피스텔까지 종합된 주택가액이 9억원이 초과될 때에는 종합부동산세의 과세대상이 되기 때문이다. 이러한 보유과세는 과세기준일 현재의 현황에 따라 과세요건 해당 여부를 판단하는 것이므로 만일 과세기준일 하루가 주택으로 사용됐다면 주택으로 과세할 것인가? 매년 기준일 현재의 용도는 어떻게 파악해야 할 것인가? 하는 문제들이 도사리고 있다.
둘째는 임대에 따른 부가가치세와 소득세 문제다. 오피스텔이 사무용이라면 부가가치세 과세사업이 되므로 다른 과세사업자와 동일한 납세의무를 지게 되나, 주택용이라면 부가가치세는 면세사업자가 되므로 사업자등록도 할 필요가 없다. 이 경우 과세 또는 면세의 대상이 되는 판단은 사실상의 용도에 따른다고 해석하고 있다. 문제는 오피스텔의 법률적 생리가 주거용이나 사무용을 자유로이 선택해 사용할 수 있는 특수한 건물이기 때문에 같은 과세기간에도 그 용도는 수시로 바꿀수 있는 것이므로 사용기간별로 과세와 면세의 사업유형을 바꾸는 것이 원칙이라고 하겠으나 이는 거래사회의 복잡성과 세무집행상 엄청난 어려움이 있을 것이므로 그 실현성이 매우 희박하다고 본다. 임대에 따른 소득세도 이해를 달리 한다. 사업용일 때에는 그 임대소득은 과세대상이 되나 주거용일 때에는 고가주택이 아니면 2개이하의 주택임대는 면세된다.
셋째로 양도할 때 발생하는 양도소득세와 부가가치세도 이해를 달리 하게 된다. 양도하는 오피스텔이 양도일 현재 사무용으로 사용된다면 양도소득세 과세대상이 되는 것은 당연하다. 그러나 주거용이라면 1세대1주택에 대한 비과세요건을 판단함에 있어 오피스텔도 주택수로 포함해야 하기 때문에 오피스텔만을 소유한 사람에게는 비과세의 혜택이 있으나 오피스텔 외에 다른 주택을 소유한 자는 그 다른 주택을 양도할 때에는 2주택 소유자로서 비과세를 받지 못하는 불이익을 안게 된다. 그러므로 소유기간에 계속해 사무용으로 사용하다가 양도일에는 주거용이 된다든지 반대로 주거용으로 사용해 오다가 양도일에는 사무용으로 사용하는 경우에는 비과세와 과세는 엄청난 세부담의 차이가 나타나게 돼 조세의 형평성에 문제가 생긴다. 양도할 때에 발생하는 부가가치세 과세대상이 되는 여부도 마찬가지다. 건물에 대해 양도일 현재 주거용으로 보면 면세이고, 사무용으로 보면 과세대상이 된다.
이와 같이 오피스텔이 사무용과 주거용을 겸하는 특수한 건물이기 때문에 임차인이 어떠한 용도로 쓰느냐에 따라 과세와 면세의 갈림길이 되고 또 그 사용기간에 따른 배려가 없이 과세기준일 현재의 상황에 따라 과세요건의 성립 여부를 판단하므로 매우 불합리한 점이 있을 뿐만 아니라 어느 세목은 거주용으로 보는 것이 유리하고 어느 세목은 사무용으로 보는 것이 유리할 수도 있는 등 조세의 형평성에도 문제가 있다. 따라서 여러 가지 세금을 종합해 유리 또는 불리를 예견하기는 매우 어려우므로 사업을 개시하는 때에 사업자등록을 통해 납세자가 과세대상이 되는 용도를 선택해 신고하게 하고 면세포기의 예와 같이 3년이내에는 스스로 변경할 수 없도록 하는 방안이 강구됐으면 한다.
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