(5)'이공계 출신 인건비 세액공제' 신설
가. 배경
'이공계'분야에 대한 기피현상은 이제 사회문제가 돼 있는 상황이다. 이는 국가적인 차원에서 인적 자원의 왜곡·편중배분이며 낭비적인 면이 있고，국가경쟁력 저하를 초래한다는 면에서 매우 바람직스럽지 못하다. 이에 대하여는 우선 제도적인 측면에서 종합적으로 풀어가야 하겠으나 조세정책적으로도 해결방안을 모색해야 한다.

보도에 의하면 2003년 1학기 대학가에 불고 있는 이공계생들의 자퇴바람이 갈수록 거세지고 있다. 대학마다 자퇴하는 이공계 학생수가 전년도에 비해 곱절 늘어난 것으로 집계됐다. 자퇴생의 상당수는 평생 수익이 보장되는 의대·한의대에 진학했거나 진학을 준비 중이다. 대학가의 취업난이 갈수록 심화하면서 이공계열을 나온 학생 중에 일자리를 잡은 취업자 비율이 50∼60%에 불과한 것도 학생들의 자퇴를 막지 못하는 원인이 되고 있다.

이같은 자퇴행렬에는 석·박사과정 학생들도 가세하고 있다. 이러다가는 이공계열 연구기반이 붕괴할지 모른다는 우려도 나오고 있다. 교육인적자원부 등 관계부처가 합동으로 대책 마련에 나서고 있으나 이공계 이탈흐름을 막기에는 아직까지 역부족인 실정이다. 이공계열 교수와 학생들은 "상대적으로 낮은 보수와 사회적 대우가 이공계 기피현상의 근본원인"이라며 "장학금 지급 등의 미봉책으로는 이공계열 자퇴행렬을 막지 못할 것"이라고 경고한다.

자연계대학 졸업자의 취업률은 연도별로 비교하면 아래 표와 같다.<표 참조>
【표】 자연계대학 졸업자 취업률

구분	2000	2001	2002	2003
의학	88.4%	85.7%	91.2%	89.0%
약학	73.0%	73.4%	81.1%	79.3%
공학	58.5%	58.8%	60.5%	60.0%
이학	50.2%	53.7%	54.8%	53.2%

표에서 보면 의학·약학분야의 취업률이 월등히 높은 것을 알 수 있다.

중소기업지원 방안의 하나로 이공계 출신 인건비 세액공제를 고려하게 되는 취지는 주 5일 근무제로 인해 중소기업의 신규인력 수급이 더 어려위질 것으로 예상되는 측면과 국가적인 차원에서 이공계 출신에 대한 우대 측면이 고려된 것이다.

즉 중소기업에서 이공계 출신을 고용하게 되면 인건비의 일정비율에 해당하는 금액만큼을 법인세 등에서 공제시켜 줌으로써 중소기업으로 하여금 더 적극적으로 이공계 출신을 우대해 고용하게 하자는 것이다.

동 조세지원제도는 신설되는 것으로서 원용할만한 현행 규정은 '외국인 기술자에 대한 소득세 면제'규정(조특법 제18조)이다. 동 규정은 외국인 기술자에 대해 조세혜택을 부여하는 것이나 신설규정은 중소기업에 대해 과세혜택을 제공하는 것이다.

조특법 제18조에 의하면 외국인 기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 지급받는 근로소득은 당해 외국인 근로소득자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년간 소득세를 면제한다고 규정하고 있다.

조특법 제18조의 규정은 외국인 기술자 영입을 통해 선진기술 도입을 촉진하고자 하는 목적으로 마련된 것이다.

또한 '연구, 인력개발비에 대한 세액공제'가 조특법 제10조에 다음과 같이 규정돼 있다.(여기에는 이공계 출신이 주로 포함되는 연구인력에 대한 인건비가 포함된다:조특법 시행령 별표 6 제1호가①)

대기업에 대하여는 과거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비 연평균 발생액을 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 세액공제(조특법 제10조①(1))하고 중소기업의 경우에는 동 세액공제와 당해 연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 세액공제하는 방법 중 선택 적용이 가능하다.(조특법 제10조①(2)) 이때 조특법 제9조2항에 의해 준비금을 사용하는 법인은 그 범위내에서 세액공제를 받을 수 없다.

그리고 2004년 세법 개정시 이공계대학에 대한 우대규정이 마련됐다. 즉 이공계 사내대학의 운영비용을 연구 및 인력개발준비금 사용대상 및 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 추가하고，이공계 대학에 기부하는 기부금품을 연구 및 인력개발준비금 사용대상에 추가했다.(조특법령 별표 5 및 별표 6)