부가가치세의 신고 관리 역사는 부가세의 본래 기능인 '자진신고납부'의 정착사였다고 볼 수 있다. 초창기의 신고지도를 위한 '업봉별신고권장 기준율'로부터 최근 전자신고까지 자진신고납부를 효과적으로 달성하기 위한 수단이었다고 정의할 수 있다.

부가세는 사업자의 자율적인 신고에 의해 조세채권·채무가 확정되는 것이나, 예외적으로 불성실 신고자에 대해서만 경정조사를 실사하는 신고납부제도로서 정부조사결정제도인 영업세와는 신고절차 면에서 근본적으로 다르다.

그러나 초창기의 우리 나라 실정에서는 자진신고여건을 갖추지 못해 성실신고를 유도하기 위해 강력한 단속을 실시했고 이로 인해 문제점이 발생되기도 했다. 그러나 정부 주도의 신고지도는 점차적으로 세무간섭을 축소하는 방향으로 개선해 갔다.

부가세 신고 관리의 변천사는 제도의 수용·정비, 자율신고제 정착화, 자율신고제의 발전, 과세인프라구축 추진 및 전자신고제 도입 단계로 발전되어 왔다.

제도의 수용·정비 단계, 일괄신고접수제 안착
1985년까지 제도의 수용·정비 단계에서의 핵심되는 제도는 1984년과 1985년에 각각 실시한 '자율신고제'와 '일괄신고접수제'이다.

’84년의 '자율신고제 관리요령'으로 실질적인 자율신고제를 실시하게 됐고, 사업자 선별구분 관리방법을 채택해 신고업무의 능률을 제고했다. 일괄신고접수제는 신고접수 창구도 별도 설치 운영하는 등 가급적 세적관리 책임자의 개별 간섭을 축소했다.

자율신고제의 정착단계, 서면지도와 간담회 신고지도 전환
1986년부터 1992년까지는 자율신고제를 정착시키기 위한 단계라고 할 수 있다. 자율신고제와 일괄접수제를 기반으로 신고 대상인원을 확대하기 위해 세무대리인 등 세무협력단체나 집단상가 공평과세협의회를 통한 집중적인 홍보를 실시했고, 일체의 세무간섭없이 신고할 수 있도록 '일괄접수 창구'를 확대 운영했다. 아울러 신고지도의 경우 안내문에 의한 서면지도와 세무협력 단체 등을 통한 간담회 형식의 신고지도로 전환했다.

또 1987년에는 과세특례자에 대한 우편신고 제도를 실시했고, 1988년에는 상담과표 제도를 폐지하고 일체의 세무간섭이 없는 '자율접수창구'를 운영과 함께 확정신고 때는 유형별·업종별 '사후관리 기준'을 형성해 신고 후 성실도 분석 및 경정 조사 대상자 선정자료로 활용하는 등 자신신고 납부 정착을 위한 방안들을 확대해 나갔다.

1991년에는 '사무관리체계 개선지침'을 시달하고, 1992년에는 '세무서일선기능 활성화 방안'을 수립해 세무서가 관서 특성에 맞는 자체 관리계획에 의거 취약지역이나 세원을 중점 관리하도록 해 일선 기능을 최대한 활성화했다.

한편으로 불성실신고자에 대해서는 '신고지도'→'신고결과 분석'→'수정신고 권장 및 불성실자 경정'→'조사후 경정과표 유지'의 관리 모델에 의해 지속적으로 관리·추진했다.

자율신고제 발전단계, 민원봉사실 접수 원칙 확정
금융실명제가 실시되던 1993년부터는 세정쇄신 차원에서 획기적인 개선을 시도했다. 신고서의 '민원봉사실' 접수가 원칙으로 정착되고 신고 막바지에는 부가가치세과(법인세과)에 민원봉사실 형태로 접수창구를 설치 운영해 신고과정에서의 세무간섭을 일체 배제했다.

또 중점 관리 종목에 대한 신고방법도 개선해 여타 사업자와 같이 신고하도록 했고, 신고지도도 간담회, 신고안내문 발송 등 집단 지도방식으로 성실신고를 유도하고 신고후 사후관리를 강화했다.

이외에도 경정조사나 부정환급조사 등은 신고 전에 실시해 성실신고를 유도했고, 일부 중점 관리 종목에 대해 실시했던 성실신고 권장범위를 전 종목으로 확대했다. 대신 관리자 주관하에 '중점 신고지도 대상자'를 선정해 사전 신고지도를 하도록 유도했다.

1995년에는 신고 전 종전의 신고지도나 지도확인 조사 등 일체의 세무간섭을 배제하고 신고서 작성도 종사직원의 작성대행을 원천적으로 배제해 사업자 스스로 또는 세무대리인의 협조를 받아 작성해 제출토록 전환했다.

반면 불편을 겪게 될 일부 영세사업자를 위해서는 세무서별로 '신고서 자기작성교실'을 설치 운영해 신고기간 중에는 전담 직원을 고정 배치하거나 VTR을 이용한 신고서 작성지도를 실시하는 등 그동안 대리작성의 타성에 젖은 사업자들의 신고서 작성 능력을 배양했다.

세무 간섭에 따른 납세자의 성실 신고 약화를 방지하기 위해 1997년부터는 부동산임대업, 대형현금수입업소, 대법인 및 주용 공공법인 등은 지방청에서, 중규모 법인과 취약업종 법인은 세무서에서 관리하는 등 업종·규모별로 구분관리하고, 부가세 조사 대상을 신고 직후 성실도 분석을 통해 선정하는 등 사후관리를 강화했다.

과세인프라 구축 추진 및 전자신고제 도입
1999년 9월부터 기능별 조직으로 전면 개편되고 신고 전 세무간섭의 금지와 납세자 접촉이 통제됨에 따라 사업자의 성실신고 수준을 제공하기 위한 과세 인프라 구축에 세정이 집중됐다.

신용카드 가맹점의 적극적인 확대 등 신용카드 사용의 활성화, 2005년 현금영수증 제도 시행 등을 통해 사업자의 수입금액이 자동으로 노출되는 범사회적인 과세자료 인프라 구축에 역점을 두고 추진된 것이다. 다만, 영세사업자들의 신고 편의를 위해 '신고서 자기작성교실'은 계속 운영됐다.

특히 2000년 7월부터 전자신고 제도를 도입해 2003년 1월부터 부가세 전자신고를 모든 사업자에 대해 전면 시행함에 따라 신고기간 중 '신고서 자기작성교실'외에 '전자신고 전용상담창구'를 별도로 설치하고 전산운영요원을 배치해 컴퓨터 활용 능력이 부족하거나 PC 등이 없는 영세사업자 등을 위해 전자신고와 관련된 상담을 하는 한편, 전자신고 확대를 위한 프로그램 보급, 홍보 및 안내 등을 실시했다.

전자신고는 자신의 PC에서 신고관련 서류를 인터넷을 통해 홈택스시스템에 제출하는 것을 말하고, 납세자에게는 이용을 편리하게 하고 행정기관에는 행정의 효율성을 제공하는 제도로 세정의 생산과 납세서비스의 질을 획기적으로 향상시킨 제도이다.

그러나 2005년 1월부터는 서면 신고서의 작성 및 지도를 안내했던 '신고서 자기작성교실'을 '전자신고 지도상담교실'로 통합 운영했다.

1999년부터 기능별 조직으로 개편함에 따라 일부 중점관리 대상자에 대해  간접적인 방법에 의한 사업실태 확인 등을 통해 우편으로 성실신고안내를 했으나 권장대상 납세자의 자기시정이 미약했다.

이에 따라 2005년 7월부터 개별안내대상자를 선정해 집중 분석해 자기시정 기회를 부여하고 불성실신고자에 대해서는 신고안내와 조사를 유기적으로 연계하여 조사대상으로 우선 선정하는 등 신고관리를 강화했다.