농업회사법인, 작물재배업 외 소득으로 간주 50% 세액감면 신청…국세청, '부인' 

조세심판원, 농산물 가공 의미 좁게 해석해야…화학적 변화 수반은 '안돼'

 

관광객을 대상으로 지역특산물을 가공해 만든 제품을 음료와 함께 판매하는 베이커리 카페를 운영하는 농업회사법인이 늘고 있는 가운데, 가공·판매한 농작물에 대해선 세액감면이 불가능하다는 해석이 내려졌다.

 

조세심판원이 강원도에 소재한 농업회사법인의 감자빵 제조·판매 소득에 대해 세액감면 대상에 해당하지 않는다고 최근 심판결정함에 따라, 농업회사법인 설립을 계획하거나 운영하는 납세자라면 유의할 필요가 있다.

 

심판결정문에 따르면, 강원도 춘천에서 빵류 제조업을 영위하는 A법인은 2021년 2월5일 농업경영체 등록을 마친 농업회사법인이다.

 

A법인은 2021년 사업연도 귀속 법인세 신고과정에서 감자빵 제조·판매 소득에 대해 50%의 세액감면을 적용해 법인세를 신고납부했다. 감자빵 제조·판매 소득을 조세특례제한법 제68조의 농업회사법인 작물재배업 외의 소득으로 본 것.

 

반면, 중부지방국세청 감사관실은 춘천세무서를 대상으로 종합감사를 진행하는 과정에서 A법인 대표 B씨가 감자빵에 대한 특허권을 소유하고 있고, 2021사업연도 당시 A법인의 공동대표자이자 배우자 C씨가 운영하는 D영농조합법인과 위탁생산계약을 체결해 감자빵 완제품을 매입해 판매하고 있는 점에 주목했다.

 

중부청 감사관실은 A법인의 소득은 빵류제조업과 제과점업에 해당한다며 당초 신고한 감면세액을 부인해 과세하는 것으로 감사 지시를 내렸고, 춘천세무서 또한 이를 수용해 과세처분했다.

 

실제로 A법인이 운영하는 베이커리 카페에서 감자빵을 커피·감자라떼 등의 음료와 함께 판매하면서 부가가치세 신고시 감자빵과 음료판매 매출을 구분하지 않고 전액 부가세 과세대상으로 해 신고한 것으로 나타났다.

 

반면 A법인은 감자빵 제조·판매 소득이 조특법 제68조 및 같은법 시행령 제65조 제2항에서 정한 농업회사법인의 작물재배업 외 소득이고, 감자빵 소득은 농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항의 농산물의 가공에 해당하기에 세액감면을 부인하는 처분은 부당하다고 맞섰다.

 

조세심판원은 사건 심리 과정에서 조특법에서 제조와 가공의 의미를 별도로 규정하고 있지는 않으나, 농업회사법인에게 세액감면이 특별히 부여되는 만큼 농산물 가공의 의미는 일반적인 경우와 다르게 범위를 다소 좁게 해석해야 한다고 봤다.

 

이에 따라 “농업회사법인의 가공의 의미는 ‘농산물의 껍질 벗기기, 절단, 분쇄 등 원재료의 형질을 유지할 수 있는 물리적인 형태의 가공에 그치는 것으로 봐야 한다”며 “농산물 원형과 다른 성질의 식품이 되는 가공행위까지 세액감면 대상으로 해석할 경우 세액감면 취지에 부합하지 않다”고 해석했다.

 

조세심판원은 법령해석을 토대로 “A법인의 감자빵 제조는 감자의 화학적 변화를 수반한 가공으로써, 이는 일반법인의 제조·가공과 더 유사한 제조·가공으로 보인다”며 “이에 대한 소득은 작물재배업 외 소득에 포함되는 농산물의 가공에서 발생한 소득으로 보기는 힘들다”고 당초 과세처분이 합당하다고 심판결정했다.