학술연구단체(비영리재단법인)가 고유업무에 사용할 목적으로 토지를 취득한 후 별도로 설립목적이 동일한 법인을 설립하여 기존의 재산과 함께 출연한 경우, 이를 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당되지 않는다는 결정이 나왔다.

행정자치부는 최근 A학술연구원이 울주군수으로부터 부과된 4백여만원의 취득세 등을 취소해달라는 심사청구에서 이와같이 결정하고 부과고지한 세금을 취소한다고 밝혔다.

행자부에 따르면 A연구원은 건축물을 신축할 목적으로 토지 502㎡를 취득해 울주군수로부터 '학술연구단체 등이 고유업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 면제한다'는 지방세법 규정에 의해 취등록세 등을 면제했다.

그러나, 울주군이 그 후에 직접 사용여부를 확인한 결과 A연구원은 (재)B연구원에 이를 출연한 사실을 확인하고 이 토지를 유상으로 매각한 것으로 보아 취득세 및 가산세까지 부과고지했다.

그러나 A연구원은 민법과 정관의 규정에 의해 이 사건의 토지를 포함한 A연구원의 모든 재산을 (재)B연구원에 출연한 것으로 원래의 연구원과 동일한 사업목적으로 설립해 사업권리를 승계한 법인이므로 세금을 추징한 것은 부당하다고 주장했다.

행자부는 이에 대해 지방세법이 "유예기간 내에 정당한 사유없이 매각하거나 당해 사업에 직접 사용하지 않는 경우"라 함은 비영리사업자가 다른 용도로 사용해 매각해 비과세의 목적이 상실되는 경우에 해당한다고 했다.

그런데, 이 사건의 경우엔 "청구인의 목적을 위해 제약이 있었기에 설립 목적이 동일한 B연구원을 설립했다"며, 이는 "당초 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 목적이 그대로 유지되고 있다고 보아야 한다"고 했다.

따라서 이 경우엔 "일반적으로 유예기간내에 정당한 사유없이 사용하지 않고 매각한 경우와 다르다"며 "처분청이 취득세 등을 추징한 것은 학술연구단체 등에 취득세 등을 면제한 입법 취지에 비추어 볼 때 부당하다"고 보았다.

이에 따라 행자부는 청구인의 주장이 이유가 있다고 인정해 처분청이 부과한 세금에 대해 모두 취소한다고 결정했다.