취득한 부동산에 대해 취·등록세를 면제받은 창업중소기업이 경영난으로 최종 사용일로부터 2년내에 매각한 행위는 추징사유에서 제외되는 정당한 사유로 볼 수 없다는 결정이 나왔다.

조세특례제한법에서는 창업중소기업 등이 취득한 부동산에 대해서는 취·등록세를 면제하지만, 2년 이내에 '정당한 사유' 없이 사업과 관련해 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 사용하는 경우 또는 처분하는 경우엔 취·등록세를 추징당한다.

행자부는 최근 A엔지니어링(이하 A社)의 심사청구에 대해 경영난은 위와 같은 규정에서 '정당한 사유' 해당되지 않는다며 기각했다.

결정문에 따르면 A社는 전남 장성에 토지와 건축물을 취득했지만 舊조세특례제한법(법률 제7839로 개정하기 전 것. 이하 조특법)에 의해 창업중소기업으로 인정받아 취·등록세를 면제받았다.

그러나, 이 회사는 경영이 어려워지자 자금난과 장기차입금을 경감하기 위해 불과 7개월만에 다른 회사에 갖고 있던 토지와 건축물을 매각했고, 장성군은 이를 정당한 사유로 인정하지 않고 가산세를 포함해 약 1천 5백만원의 취득세 등을 부과했다. 이에 대해 A社는 경영난은 '정당한 사유'에 해당된다며 부과된 세금을 취소처분해야 한다고 주장했다.

행자부는 대법원 판례를 인용해 '정당한 사유'에 대해 "당초의 목적 사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 목적사업에 사용하기 위한 진진한 노력을 다했는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작해야 한다"고 제시했다.

따라서 이 사건의 경우엔 "단순히 경영난을 해소하기 위해 매각하는 경우엔 내부적 사유에 불과하다"며 "A社의 부동산 처분에 대해 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다"고 결정했다.