휴면법인을 이용 대도시에서의 등록세 중과세를 회피하려는 수는 더 이상 통용되지 않고 있다. 사업을 시작한지 5년이 지난 휴면법인을 인수한 후 서울시 등에 부동산을 취득한 사업자에 대해 행자부는 연속해서 휴면법인 주식 인수일을 법인 설립 연도로 인정하는 결정을 내리고 있기 때문이다.

특히 청구인들이 심사청구 근거로 삼는 ‘휴면법인을 인정'한 행자부의 유권해석(세정-1494호, 2004.6. 8)을 행자부는 더 이상 인용하고 있지 않으므로 주의가 요구된다.

행자부는 최근 해산간주된 휴면법인을 인수해 회사계속등기를 했지만 상호 및 본점소재지 및 사업목적, 대표이사, 주주 등을 모두 변경하고 서울 강남구에 토지를 취득한 A회사에 대해 처분청이 등록세 등을 중과한 것에 잘못이 없다고 결정했다.

A 회사는 1997년에 설립된 휴면법인을 인수한 것에 대해 ▲ 주식회사의 주식 양도 및 양수가 자유롭고 주주총회를 통해 목적과 자본금, 임원의 임기 만료, 본점 등의 변경이 가능하다는 점 ▲ 행자부의 유권해석(세정-1494호, 2004.6. 8)이 "휴면법인은 당해 법인의 법인격이 소멸된 것이 아니므로 법인설립시기는 최초 법인설립등기일"이라고 한 점 ▲ 대법원 판례(대법원 95누5301 판결, 1996.5.10선고)가 "국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 의해 당시자의 거래행위를 조세회피행위로서 부인하려면 법률에 개별적이고, 구체적인 부인규정이 마련돼야 한다"고 한 점을 들어 처분청의 등록세 중과는 부당하다고 주장했다.

그러나 행자부는 이러한 주장에 대해 조목조목 이유를 들어 기각을 결정했다.

우선, "등록세 중과의 목적이 인구와 경제력의 대도시집중을 억제하는 것에 있다"며 "휴면법인 부동산을 취득하는 것으로 포장한 경우까지 성실한 납세자와 동일하게 보는 것은 조세형평에 위배된다"고 설명했다.

또 일부 대법원의 판결과 행자부의 심사결정에서 휴면법인을 인정하는 경우는 휴면법인의 채무면탈을 위해 신설법인으로 가장한 경우를 의미하는 것으로 실질과세원칙에 의한 판결이라고 못박았다.

특히 A회사가 타당성의 근거로 삼는 행자부의 유권해석(세정-1494호)는 "휴면법인 인수일을 법인설립일로 본다"고 새롭게 유권해석을 변경했을 뿐만 아니라(지방세정팀-2081호, 2006. 5.23), 기존 유권해석은 "재판판결이나 불복청구결정시에 반드시 따라야 하는 것은 아니다"라고 명시했다.

아울러 국세에 대한 대법원의 판례는 국세의 경우에 해당하는 것으로 "등록세 중과세 취지 및 휴면법인격을 부인한 판례 취지에 비추어 동일하게 보는 무리가 있다"고 했다.

따라서, A회사가 취득한 부동산은 법인설립일인 휴면법인을 인수한 시점으로부터 5년이 지나지 않았으므로 등록세 중과세 요건에 해당되고, 처분청이 부과한 처분은 잘못이 없다고 결정했다.