재정경제부가 추진하고 있는 2007년 세제개편안은 미래성장동력 산업 부분에 대한 지원을 확충하는 내용을 담고 있다.

세제개편을 통해 지원하고자 하는 분야는 총 6개로 설정되어 있다. ▲연구개발 및 설비투자, ▲미래성장산업(벤처·중소기업, 금융산업, 물류산업, 해외자원개발, 환경·에너지산업) ▲ 대학 및 산학협력단 ▲가업을 잇고 있는 중소기업 ▲파트너십 과세제도의 도입 ▲ 불합리한 기업 과세제도의 합리화 이다.

연구개발 및 설비투자 지원을 보면 대기업 연구개발비 지출을 지원하기 위해 기존의 증가분방식에 당기분방식을 선택할 수 있게 했다. 단, 금년 매출액대비 R&D 지출비율이 직전년도 비율 이상인 경우에만 선택 허용했다. 또 50% 세액공제를 받을 수 있는 위탁 R&D 지출 범위도 확대해 인력개발을 위한 위탁교육 훈련비 및 기술개발지원 용역비가 추가됐다.

정보통신기술인프라 활용기업에 대한 지원 강화책으로 USN(Ubiquitous Sensor Network), RF DONGLE(모바일터치 카드결제 단말기), 서비스로보트 등이 세액 공제 대상에 포함됐다.

논란이 됐던 개성공단의 투자 기업에 대해서는 개성공단에 투자한 경우도 국내에 투자한 것으로 인정해 세액공제를 허용했고, 제조업체의 사업장이 개성공단에 소재한 경우에도 종소기업특별세액감면 대상으로 인정했다. 또 환경설비투자 등에 대한 세액 공제를 3%에서 7%로 상향조정해 환경보전시설에 대한 지원을 확대했다.

벤처기업 확인 기한을 2년에서 3년으로 연장하고, 대기업소유 사업용 자산을 중소기업에 무상 기증 만이 아니라 저가양도하는 경우에도 세제 특례를 인정하는 지원도 이뤄졌다. 또한 중소기업을 위한 네트워크론의 요건 중 '구매기업의 추천'이라는 요건을 삭제해 절차를 간소화해 중소기업에 대한 지원책을 확대했다.

금융기관에 대해서는 '모집권유비'를 접대비로 보는 항목을 폐지하고, 금융지주회사 주식양도차익 과세특례일몰도 연장했다. 물류산업의 경우 제3자물류기업으로 위탁하는 화주기업과 물류관리정보시스템 설비 투자에 대해 세액공제가 이뤄지고, 해외자원개발 지원책으로 직접 광업권(조광권)을 취득하는 경우의 취득금액과 해외 자회사에 대한 출자 금액의 경우 투자금액의 3%를 소득세 또는 법인세에서 공제가 되고 지분을 취득하는 경우에는 과세이연의 혜택을 줬다.
바이오디젤 원액 및 환경오염방지물품, 신재생에너지 생산기자재 등에 대한 감면은 모두 일몰연장했다.

대학의 재정확충 지원을 위해 대학이 수익용 자산 대체 취득시 법인세 과세이연 혜택을 제공하고 대학이 전액 출자한 영리법인이 수익을 대학에 출연하는 경우 전액 손금 산입하기로 했다.

또 사립대학이 민자로 건설한 시설을 기부채납한 대가로 동 시설의 관리운영권을 받는 경우에 부가세를 면제한다. 현재 11개 대학이 동 제도를 이용하여 기숙사 등을 민자로 건설 중이거나 완공 후 운영 중으로 이에 대해 혜택을 받게 됐다.

중소기업이 가업승계하는 경우에 대해서도 혜택을 보완 강화했다. 

창업자의 사망으로 중소기업을 상속하는 경우, 해당 중소기업의 영속성을 지원함으로써 고용안정을 도모하고 경영 know-how의 전수 등 국민경제에 계속 기여할 수 있도록 세제상 중소기업의 원활한 가업승계를 지원한다.

단, 중소기업의 영속성을 전제로 지원을 확대하되 지원대상이 되는 가업승계의 범위는 종전보다 좁게 운용되는 특징이 있다.

지원의 확대로는 가업상속공제금액이 현행 1억원에서 2억원 또는 가업상속재산가액 × 20%(30억원 한도) 중 큰 금액으로 늘어나고, 연부연납 제도의 실효성을 위해 납세자의 신청대로 연부연납 기간을 허용하고 거치기간을 신설했다. 가업상속재산 비율 50% 이상인 경우엔 3년거치 12년 연부연납되며, 기타의 경우엔 2년거치 5년 연부연납된다.

또 가업의 사전상속에 대한 특례가 도입되어 가업요건을 갖춘 중소기업 주식을 사전증여(30억원 한도)할 때 5억원 공제후 10%의 낮은 세율로 과세한 후 상속시 정산하기로 했다.

그러나 상속개시일 현재 피상속인이 15년이상 영위한 기업으로서 조세특례제한법상 중소기업이 지원대상이 되는 등 가업의 범위를 명확히 했다.

파트너십에서 발생한 소득에 대해 파트너십 단계에서는 (법인세를) 과세하지 않고, 구성원인 파트너에게 귀속시켜 파트너별로 과세하는 파트너십과세제도도 처음으로 도입이 된다.

파트너십의 법인세 부담이 경감되고, 파트너십에서 발생한 결손금을 파트너의 다른 소득과 공제할 수 있어 대상업체의 경우 유리한 제도이다. 그러나 논란이 되고 있는 과세 적용대상 범위의 업체로는 합명회사·합자회사, 유한회사 중 주로 인적용역을 제공하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인으로 한정했다.

이외에도 기업과세제도의 불합리한 점도 많이 개선시키고자 했다. 매입세액 불공제된 매입세액이 불공제된 재화의 면세전용시 과세가 제외되고, 수입배당금 익금불산입 배제요건으로 '배당받은 법인, 배당금 지급법인, 배당금 지급법인이 출자한 법인 모두 계열회사인 경우에만 배제'라는 항목을 추가했다.

법인이 사업용자산 취득을 위해 국고보조금을 지원받을 때 법인세가 과세 이연되는 경우 취득시한이 보조금 지급받은 날이 속하는 사업연도의 다음사업연도 종료일에서 '대통령령이 정하는 부득이한 사용 발생시에는 당해 사유 종료일이 속하는 사업연도 종료일'이 될 수 있게 했다.

또 현금영수증을 발급하는 경우 신용카드 매출거부로 보지 않도록 규정했고, 구상채권상각충당금 제도의 경우 손금산입한도를 조정했고, 건설공제조합, 전문건설공제조합, 대한설비건설공제조합, 전기공사공제조합, 자본재공제조합 등이 대상 법인에 포함됐다.

공동광고선전비의 경우엔 특수 관계가 아닌 법인간에는 약정에 따른 배분을 그대로 인정해 손금불산입하는 것으로 개선했다.

또 법무법인이나 관세사법인의 경우 조직 변경시 의제배당 및 청산소득에 대해 비과세 특례를 적용받게 했다.